Budowę pierwszego, murowanego kościoła przy klasztorze bernardynów pw. św. Hieronima i św. Franciszka w Bydgoszczy ukończono w 1485 roku. 10 sierpnia 1545 roku na terenie opactwa wybuchł pożar wywołany uderzeniem pioruna. Spłonął wówczas cały kościół oraz duża część zabudowy klasztornej. Obecna gotycko-renesansowa świątynia pw. św. Jerzego powstała w latach 1552-57 dzięki dotacji królewskiej oraz poparciu finansowemu rodziny Kościeleckich. Zmieniono wówczas wezwanie świątyni na Św. Trójcy. 10 września 1559 roku Sebastian z Żydowa, sufragan gnieźnieński, konsekrował w kościele ołtarz Św. Krzyża, zaś w 1563 roku gdański ludwisarz Herman Benincke odlał dla klasztoru wielki dzwon. Sklepienie kościoła wykonał o. Marcin z Bieganowa. W latach 1590-1602 nastąpiła przebudowa świątyni. W tym czasie mieszczanin i szlachcic Stanisław Małżewski ufundował ołtarz Św. Krzyża w nowo wzniesionej kaplicy św. Anny po południowej stronie kościoła. W 1595 roku Dorota ze Spławskich, żona Jana Kościeleckiego, starosty bydgoskiego przyozdobiła kaplicę klasztorną polichromią i trzema zielonymi kilimami. W tym roku erygowano również przy ołtarzu Bractwo św. Anny. Uszkodzona w czasie wojen szwedzkich świątynia, została przebudowana i odnowiona w II połowie XVII wieku. Podczas rozbudowy w latach 1648-86 m.in. podwyższono szczyt zachodni kościoła. Z kolei w 1677 roku kompleks otrzymał kwadratową wieżę. W latach 1682-85 na pamiątkę zwycięstwa pod Wiedniem Jan Piniński na dziedzińcu przed frontem kościoła ufundował kaplicę z domkiem loretańskim. Przed rozbiorami w kościele znajdowało się siedem ołtarzy, bogaty wystrój i kolekcja przedmiotów liturgicznych. Z wizji lokalnej przeprowadzonej w 1745 roku wiadomo, że kościół pokryty był dachówką, w prezbiterium posiadał posadzkę ceramiczną, a w nawie – drewnianą.

Dużych zniszczeń doznał kościół w 1812 roku w czasie pobytu wojsk rosyjskich. W 1817 roku władze pruskie dokonały kasaty klasztoru, jednak wywłaszczenie własności kościelnej nastąpiło dopiero po śmierci ostatniego zakonnika ojca Nagabczyńskego w 1829 roku. Wtedy władze pruskie przekazały świątynię gminie ewangelickiej, a klasztor ewangelickiemu seminarium nauczycielskiemu. Zlikwidowano wtedy arkadowy dziedziniec klasztorny oraz krużganki łączące kościół z klasztorem. W latach 1840-60 zamieniono go na magazyn mebli, słomy, a nawet wytwórnię naboi. W 1838 roku podjęto decyzję o przemianowaniu kościoła na garnizonowy – dla żołnierzy wyznania katolickiego i ewangelickiego. Wtedy Prusacy zburzyli kaplicę loretańską. Również wnętrze kościoła zostało poważnie przebudowane. W latach 1864-66 kościół został gruntownie odrestaurowany. Powstała wtedy okrągła wieża, kruchta oraz neogotycki szczyt zachodni. Funkcja garnizonowa kościoła pozostała po odzyskaniu niepodległości w 1920 roku i temu celowi kościół służy aż do dnia dzisiejszego. 4 stycznia 1971 roku Kardynał Stefan Wyszyński zmienił wezwanie kościoła ze św. Jerzego na Matki Boskiej Królowej Pokoju.

Obecnie jest to jednonawowa, orientowana budowla zbudowana z cegły. Do prezbiterium od północy dostawiona jest kwadratowa wieża – dzwonnica z XVII wieku. Szczyt fasady zachodniej jest schodkowy, ze sterczynami o formach neogotyckich z lat 1864-66. W południowo-zachodnim narożniku świątyni znajduje się cylindryczna wieża, zwieńczona murowaną iglicą. Okna w nawie są ostrołukowe z neogotyckimi maswerkami. Wnętrze świątyni stanowi jedna, nakryta sklepieniem gwiaździstym, nawa. Wewnątrz w ściany kościoła wmurowane płyty nagrobne z XVII wieku. Do kościoła przylegają dawne budynki Klasztoru Bernardynów oraz kaplica św. Anny dobudowana na przełomie XVI i XVII wieku. Z dawnego wyposażenia świątyni zachowała się rokokowa ambona z drugiej połowy XVIII wieku. W kościele znajduje się najstarszy odkryty w mieście fresk heraldyczny – orzeł z I połowy XVII wieku. W 1967 roku podczas badań archeologicznych na południe od kościoła odkryto fundamenty kaplicy loretańskiej oraz pozostałości po krużgankach. Natomiast w 1999 roku podczas wymiany starej posadzki odkryto podziemne krypty grzebalne. Część starego wyposażenia kościoła znajduje się w kościele katedralnym Bydgoszczy, przeniesione tam w I połowie XIX wieku.

Kościół znajduje się na wschód od Starego Miasta przy ul. Bernardyńskiej 2.

Zdjęcia wykonano w czerwcu 2018 roku.