Gotycki kościół św. Mikołaja w Chełmży był wznoszony w trzech fazach, prawdopodobnie od około 1264 roku do początku XIV wieku. Na tym miejscu prawdopodobnie istniała starsza, drewniana świątynia, czego świadectwem jest podporządkowanie jej katedrze w akcie erekcyjnym katedry z 1248 roku. Pierwotnie powstała trójnawowa budowla z prostokątnym prezbiterium i wieżą od zachodu, wtopioną w dolnej części w korpus. Do prezbiterium przylegała nieistniejąca już kaplicą św. Wawrzyńca, później pw. św. Huberta.

W 1422 roku, w wyniku najazdu polsko-litewskiego w trakcie wojny golubskiej, kościół uległ spaleniu. Zawaliły się wówczas sklepienia w korpusie. Przy ich odbudowie zamurowany okna w nawie głównej. W 1824 roku kościół został zakupiony przez Króla Prus i 24 sierpnia 1827 roku przekazany miejscowej gminie ewangelickiej. W tym samym roku kościołem parafialnym stała się dawna katedra, a siedzibę diecezji przeniesiono do Pelplina. W latach 1848-58 podwyższono wieżę o jedną kondygnację, rozbierając wcześniejszy smukły hełm. W 1858 roku przystąpiono do gruntownej przebudowy i rozbudowy świątyni na potrzeby gminy ewangelickiej. Wnętrze otynkowano, do korpusu dobudowano transept, a wschodni szczyt prezbiterium wymurowano na nowo. W 1897 roku teren kościoła otoczono murowanym ogrodzeniem, w tym samym roku sporządzono projekt kruchty zachodniej, który zrealizowano dopiero w 1906 roku.

Po 1945 roku kościół został przejęty przez parafię katolicką i początkowo pełnił rolę kościoła szkolnego. W latach 1950-53, w związku z pożarem i odbudową kościoła Świętej Trójcy pełnił tymczasowo rolę kościoła parafialnego. Po 1953 roku stał się kościołem filialnym w parafii św. Mikołaja, której głównym kościołem jest konkatedra Trójcy Świętej. 

Obecnie jest to trójnawowy gotycki kościół z neogotyckim transeptem i masywną wieżą od strony zachodniej. Budynek jest murowany z cegły w wątku wendyjskim, z użyciem kamienia polnego w dolnych częściach ścian. Prezbiterium jest przykryte sklepieniem krzyżowo-żebrowym z początku XIV wieku, natomiast nawy nakryte są drewnianymi stropami belkowymi. W czasie gdy kościół był zborem ewangelickim, protestanci zachowali pochodzący z 1612 roku ołtarz główny z Matką Boską w otoczeniu św. Barbary i św. Katarzyny oraz obraz z hołdem Trzech Króli, a także ambony, organy i 3 dzwony z wieży. Pozostałą część wyposażenia, w tym siedem ołtarzy bocznych, pozwolono zabrać katolikom i zostały one rozproszone po innych świątyniach. Po zakończeniu II wojny światowej z chełmżyńskiej katedry przeniesiono wówczas do kościoła cztery XVIII-wieczne ołtarze, które ustawiono przy filarach międzynawowych: ołtarzśw. Stanisława Kostki i św. Antoniego, ołtarz ze św. Rochem w części nastawy, ołtarz z obrazem św. Trójcy i ołtarz z wizerunkiem św. Barbary ozdobionym trybowaną, rokokową sukienką.

Kościół św. Mikołaja jest usytuowany na południowy zachód od Rynku i od katedry, między ulicami Sądową i Strzelecką. Chełmża jest położona 20 km na północ od Torunia, po wschodniej stronie drogi nr 91 do Świecia nad Wisłą.

Zdjęcia wykonano w sierpniu 2014 roku.