Budowę kościoła św. Jana rozpoczęto około 1360 roku, na miejscu wybudowanej wcześniej kaplicy św. Jana. Początkowo świątynia była filią kościoła św. Katarzyny, później przeznaczona została na kościół parafialny północnej części Głównego Miasta. Prace prowadzono najpierw po stronie wschodniej, a następnie, od 1382 roku, po zachodniej. Zakończone zostały na początku XV wieku, przy czym zostawiono miejsce na wieżę, której powstanie planowano na później, podobnie jak sklepień, które na razie zastępował strop wykonany z belek. W 1415 roku zaczęła się przebudowa korpusu wschodniego. Pojawiło się nowe prezbiterium i transept. Rozpoczęto też stawianie wieży. Roboty przerwał, wydany w 1453 roku przez Krzyżaków, zakaz stawiania tak wysokich budynków w okolicy zamku.  Budowę sklepień i wieży dokończono dopiero w trakcie wojny trzynastoletniej. Wtedy też ustaliła się forma kościoła, w jakiej istnieje do chwili obecnej. Jest to halowy, trójnawowy kościół o długości około 55 m., szerokości 20 m., z jednonawowym transeptem i czterokondygnacyjną wieżą o wysokości 47 m. Nową parafię utworzono w 1456 roku z polecenia biskupa włocławskiego, budowę świątyni ukończono natomiast w 1465 roku, przesklepiając całe wnętrze. W 1543 roku wieżę kościelną strawił pożar. Zniszczenia udało się usunąć dopiero po 24 latach. Niedługo potem pojawił się kolejny problem. Zbyt ciężka i posiadająca zbyt słabe fundamenty świątynia zaczęła nierównomiernie osiadać na niestabilnym gruncie. Na niestabilność budowli miały także wpływ zbyt głębokie pochówki. Pierwsze prace ratunkowe podjęto się już w XVI wieku, zabezpieczając mury potężnymi przyporami. Bez większych rezultatów, gdyż obecnie od strony Motławy oglądać możemy zatrważające odchylenie ściany wschodniej (ok. 1 m). 

W marcu 1945 roku kościół spłonął w wyniku działań wojennych lecz mury, choć uszkodzone, ocalały, podobnie jak większość dzieł sztuki wyniesionych wcześniej ze świątyni. Po wojnie prowizorycznie naprawiono kościół, przeznaczając go na lapidarium. Nie objęła go planowa rekonstrukcja Głównego Miasta. Pod koniec lat sześćdziesiątych odbudowana została wieża, a w latach osiemdziesiątych zrekonstruowano sklepienia. Od 1965 do 1985 roku filary zostały palowane i wzmocnione. Niedawno wyspecjalizowana firma dokonała umocnienia podłogi, na którą, być może już niedługo, powrócą odrestaurowane płyty nagrobne.

Mimo, iż dzieło całkowitej odbudowy nie jest jeszcze dokończone, od jesieni 1998 w kościele odbywają się koncerty i wystawy organizowane przez Nadbałtyckie Centrum Kultury, a także niedzielne msze święte (o godz. 12) Duszpasterstwa Środowisk Twórczych Archidiecezji Gdańskiej. Dziś w znajdującym się w „stanie surowym” trójnawowym kościele można obejrzeć kilka ciekawych dzieł sztuki. Niewątpliwie najwybitniejszym jest, wykonany z szarego piaskowca, architektoniczny ołtarz główny o wysokości kilkunastu metrów, dedykowany Janowi Chrzcicielowi. Zbudował go w latach 1599 -1612 Abraham van der Blocke. Mimo, iż ołtarz przetrwał szczęśliwie II wojnę światową, z biegiem czasu popadał w ruinę. Niedawno przeprowadzono jego remont kapitalny. 

Kościół św. Jana jest położony między ulicami : Świętojańską, Minogi, Straganiarską, Warzywniczą i Zaułkiem Zachariasza Zappio.

Zdjęcia wykonano w lipcu 2008 roku i w lutym 2011 roku.