Kościół p.w. św. Jakuba został zbudowany w 1437 roku na miejscu starszej kaplicy. Tutaj modlono się o szczęśliwy powrót ludzi morza. Obok był szpital dla starych żeglarzy. Od 1458 roku utrzymywano i leczono tu na koszt fundacji świętego Jakuba (powołanej przez Gildię Szyprów) około 13 ubogich marynarzy, pozostali musieli płacić. Pod pojęciem szpitala rozumiano miejsce, gdzie nie tylko leczono, ale też w którym przebywali ludzie starsi, niedołężni, biedni lub samotni.

Jest to budowla wzniesiona z cegły w stylu gotyckim, posiadająca jedną nawę i wieżę nad wejściem. Do połowy XVI wieku świątynia służyła katolikom. W czasie wojen napoleońskich w budynku urządzono więzienie, następnie powtórnie oddano go kościołowi. W XIX wieku były tu m.in. magazyn, biblioteka i szkoła żeglugi morskiej. W roku 1905 budynek zamieniono na halę przemysłową.

Po II wojnie światowej odbudowaną świątynię konsekrowano w 1948 roku i przekazano zakonowi kapucynów. Ciekawymi elementami wystroju jest kamienny portal z płaskorzeźbami o motywach morskich oraz witraże i polichromie. Jako jedyny kościół w Gdańsku posiada renesansowy strop belkowy z modrzewia. Wczesnobarokowy hełm na wieży został przeniesiony z Bramy św. Jakuba. Ewenementem na skalę europejską jest oryginalna XVII-wieczna więźba dachowa wykonana z drewna modrzewiowego.

Kościół znajduje się przy ul. Łagiewniki 63 niedaleko Pomnika Poległych Stoczniowców.

Zdjęcia wykonano w kwietniu 2009 roku.