Murowany kościół św. Mikołaja (oraz klasztor) został zbudowany w 1227 roku przez dominikanów sprowadzonych z Krakowa na podstawie fundacji księcia pomorskiego Świętopełka. W miejscu obecnej świątyni już w XII wieku istniał skromny drewniany kościółek zbudowany z polecenia księcia Sambora. W XIV wieku kościół okazał się zbyt mały dla szybko rozwijającego się miasta, tak więc w 1348 roku rozpoczęto budowę nowej świątyni w kształcie, który zachował się do dnia dzisiejszego. Relikty starszego założenia znajdują się obecnie pod Halą Targową.

W pierwszej kolejności wzniesiono prezbiterium z zakrystią i niską czworoboczną wieżą. Następnie powstał korpus nawowy. Na rok 1400 datowany jest zachodni szczyt kościoła, nieco później powstał szczyt wschodni. W II połowie XV wieku nadbudowano wieżyczkę w elewacji południowej, a stosunkowo późno, dopiero w 1487 roku zakończono prace przy sklepieniach. Od północy przylegał do kościoła trójskrzydłowy klasztor z czworobocznym wirydarzem. W końcu XVII wieku bryła kościoła uzyskała jeszcze niewielką kaplicę św. Jacka przykrytą kopułą. 

Podczas rozruchów religijnych w latach 1525-26 kościół został opanowany i doszczętnie splądrowany przez protestantów gdańskich. Dopiero energiczna interwencja króla Zygmunta Starego przywróciła katolikom dawne prawa do świątyni. W 1576 roku dominikanie ponownie przeżyli chwile grozy, kiedy w odwecie za poparcie udzielone Stefanowi Batoremu motłoch gdański ograbił klasztor i kościół. Kolejnego dramatu dostarczyły wydarzenia z 1813 roku, kiedy to podczas oblężenia miasta spłonął klasztor i nie został już potem odbudowany. W 1835 roku władze pruskie dokonały kasaty klasztoru oraz konfiskaty majątku, a dominikanie zostali zmuszeni do opuszczenia miasta. Przy kościele powstała parafia katolicka (jedna z czterech w ówczesnym Gdańsku), a świątynię przekazano proboszczom niemieckim. W 1929 roku kościół otrzymał tytuł bazyliki mniejszej. W czasie wyzwalania miasta w 1945 roku kościół św. Mikołaja, jako jedyny ocalał wraz z bogatym wyposażeniem z XVII i XVIII wieku. Jedna z opowieści głosi, iż kościół św. Mikołaja został oszczędzony przez palących Gdańsk radzieckich żołnierzy ze względu na postać patrona, otaczanego przez prawosławnych Rosjan szczególną czcią. Według innej teorii ówczesny proboszcz przekupił czerwonoarmistów alkoholowym zapasem kościelnej piwnicy aby ci nie splądrowali i nie spalili kościoła. Po wojnie kościół ponownie objęli dominikanie.

Obecnie kościół św. Mikołaja to gotycka ceglana budowla o trójnawowym, sześcioprzęsłowym korpusie i wydłużonym czteroprzęsłowym, prostokątnym prezbiterium. Jest to świątynia halowa przesklepiona sklepieniem gwiaździstym wspartym na pięciu parach ośmiobocznych filarów. Ściany zewnętrzne ozdobiono blendami międzyokiennymi i fryzem opaskowym, bryła kościoła zamknięta jest trzema dwuspadowymi dachami, oddzielnymi dla każdej nawy Charakterystyczną elementem budowli jest ośmioboczna wieża nakryta spiczastym dachem. We wnętrzu zachowane jest bogate wyposażenie wczesnobarokowe. Na szczególną uwagę zasługują następujące zabytki: 

-Barokowa chrzcielnica z 1732 roku;

-Rokokowy ołtarz św. Dominika z 2 poł. XVIII wieku;

-Ołtarz Matki Boskiej Bolesnej z 1662 roku;

-Obraz Matki Boskiej z XIV wieku;

-Późnorenesansowy ołtarz główny pochodzący z 1643 roku;

-Gotycka Pieta z 1430 roku;

-Duży gotycki obraz Madonny z 2 poł. XV wieku. 

Kościół św. Mikołaja znajduje się na południe od Hali Targowej i jest otoczony trzema ulicami : Świętojańską – od południa; Pańską – od wschodu i Lawendową – od zachodu.

Zdjęcia wykonano w lipcu 2008 roku.