Od początku istnienia miasta istniała w miejscu obecnego klasztoru rezydencja krzyżacka, po której do dziś zachowała się tzw. Baszta Mestwina. Prawdopodobnie jeszcze przed 1266 roku sprowadzono tutaj cysterki, którym miasto rok później przekazało 4 parcele budowlane przy drewnianych jeszcze wtedy umocnieniach miejskich wraz z bramą miejską (Merseburską). W XV wieku cysterki zmieniły reguły zakonne na benedyktyńskie, gdzie jedną z przełożonych była siostra Mikołaja Kopernika – Barbara. Od 1579 roku przełożoną klasztoru była Magdalena Mortęska, która założyła tu szkołę żeńską, jedną z najbardziej znanych i postępowych w Polsce, także bibliotekę klasztorną – klasztor stał się wówczas ostoją polskości i ośrodkiem kultury. W 1821 roku władze pruskie dokonały kasaty zakonu, a wkrótce, w 1825 roku klasztor objęły siostry Miłosierdzia, które są tu do dziś. Do dziś zachowały się budynki klasztorne położone wzdłuż północnego muru obronnego. W skład zachowanego północnego skrzydła klasztornego włączono tzw. Wieżę Mestwina, pozostałość nieukończonej siedziby krzyżackiej z 3 ćwierci XIII wieku. Skrzydła wschodnie i zachodnie uległy silniejszym przekształceniom. W XVII wieku klasztor został gruntownie przebudowany. W XIX wieku, obok przebudowy wielu partii na potrzeby nowego zgromadzenia, na miejscu starszego wzniesiono wzdłuż ulicy neogotyckie skrzydło południowe z charakterystyczną wysoką wieżą (1897-99).

Z całego zespołu klasztornego na specjalną uwagę zasługuje gotycki kościół św. Janów (Chrzciciela i Ewangelisty) z pierwszej połowy XIV wieku. Po kościele farnym jest on najcenniejszym zabytkiem Chełmna. Jest to jednonawowa budowla ceglana, 4-przęsłową, z prezbiterium pięciobocznym trójbocznie zamkniętym. Kościół jest oszkarpowany, od zachodu wznosi się wysoki szczyt, zwieńczony wieżyczką z początku XVII wieku. W 1595 roku do prezbiterium dobudowano od północy kaplicę grobową zakonnic, a od południa kaplicę św. Michała. Do wnętrza z dziedzińca prowadzi manierystyczny, bogato zdobiony portal piaskowcowy z 1619 roku. Wnętrze jest bogato wyposażone głównie z okresu działalności Mortęskiej, a uwagę zwraca wsparta na rzędzie filarów wydatna empora – chór dla zakonnic – powodująca, że wnętrze w części nawowej jest dwupiętrowe. Przypuszcza się, że budowę części dolnej zakończono w latach ok. 1310-20, części górnej ok. 1330-40. W prezbiterium znajduje się wysokiej klasy ołtarz główny o bogatej konstrukcji z przełomu XVI i XVII wieku.

Klasztor i kościół znajdują się w północno-zachodnim narożniku Starego Miasta, na skraju wysokiej skarpy pradoliny Wisły. Chełmno jest położone 40 km na północ od Torunia, przy drodze nr 91 do Świecia nad Wisłą.

Zdjęcia wykonano w sierpniu 2014 roku.