Pierwsze wzmianki o rezydencji biskupiej w obecnym miejscu pochodzą ze schyłku XIV wieku. Budynek ów uległ zniszczeniu podczas pożaru w 1462 roku. Za panowania kardynała Zbigniewa Oleśnickiego (1423–55) pałac rozbudowano i otoczono murem. W XVI stuleciu pałac dwukrotnie przebudowywano: po raz pierwszy w okresie panowania Piotra Tomickiego, kiedy to dobudowano tylne skrzydło pałacu, drugi raz u schyłku wieku za rządów Piotra Myszkowskiego. Z tych czasów zachowała się kolumnowa loggia na parterze, oraz jeden z portali w krużgankach wiodący do apartamentów biskupich. W 2 ćwierci XVII stulecia miała miejsce gruntowna rozbudowa siedziby przeprowadzona przez biskupa Piotra Gembickiego.

Powstał wówczas wczesnobarokowy budynek na planie nieregularnego czworokąta skupiony wokół dziedzińca, z szeroką fasadą południową flankowaną w narożach belwederami. Z tego okresu pochodzi m.in. obecny portal wejścia od ul. Franciszkańskiej. Podobny znajdował się od strony zachodniej, przy ul. Wiślnej, pełniący funkcję wejścia głównego. U schyłku XVII w. za czasów biskupa Jana Małachowskiego przebudowano skrzydło zachodnie; pamiątką po nim są płaskorzeźbione w stiuku. herby biskupa umieszczone w sieni, na sklepieniu. W takim stanie pałac zachował się do XIX wieku.

Pałac otrzymał nowy kształt za czasów biskupa Jana Pawła Woronicza, który urządził w nim romantyczne muzeum poświęcone dziejom ojczyzny. Najważniejszym miejscem był tzw. Gabinet Historyczny, kryjący m.in. część szczątków Bolesława Chrobrego. Ściany zdobiły cykle obrazów o tematyce historycznej pędzla Michała Stachowicza i Franciszka Smuglewicza. W lipcu 1850 roku budowla uległa znacznym zniszczeniom w wyniku wielkiego pożaru Krakowa. Odbudowano ją dopiero w latach 1865–68. Kolejna restauracja pałacu miała czas za rządów kardynała Albina Dunajewskiego, kiedy to w latach 1881–84 architekt Tomasz Pryliński odnowił pałac w duchu renesansowym.

W latach 1964- 78 w pałacu mieszkał Karol Wojtyła, wyprowadził się wówczas, gdy został wybrany na papieża. Odwiedzając Kraków podczas wszystkich pielgrzymek do Polski wybierał pałac jako miejsce odpoczynku. Zasłynął spontanicznymi, nieoficjalnymi wystąpieniami do tłumów wiernych, zgromadzonych przy ul. Franciszkańskiej, na placu przed kościołem Franciszkanów i okolicach. Za każdym razem zwracał się do wiernych z umieszczonego tuż ponad barokową bramą wjazdową okna.

U schyłku życia tłumy wiernych modliły się za papieża przed pałacem. Po jego śmierci przez kolejne dni przed pałacem składano kwiaty, różnego rodzaju pamiątki i zapalano znicze. Przed pałacem często organizowane są czuwania, koncerty, natomiast „okno papieskie” przyozdobione jest wizerunkiem Jana Pawła II. Na dziedzińcu pałacu znajduje się pomnik Jana Pawła II ufundowany i wykonany przez Jole Sensi Croci.

Pałac Biskupi w Krakowie jest siedzibą kurii metropolitarnej. Znajduje się przy ul. Franciszkańskiej.

Zdjęcia wykonano w październiku 2007 roku.