W XIV wieku na miejscu romańskiej świątyni pw. Michała Archanioła, król Kazimierz Wielki ufundował nowy, gotycki kościół. Od 1472 roku pieczę nad nim sprawuje Zakon Świętego Pawła Pierwszego Pustelnika sprowadzony do Polski przez Jana Długosza, który niebawem wystawił im nowy kościół. Z kościołem na Skałce związana jest historia zatargu króla Bolesława Śmiałego i biskupa krakowskiego Stanisława. W 1079 roku biskup został skazany na śmierć przez króla, który w konsekwencji musiał opuścić kraj. Kościół uznał biskupa świętym i kanonizował go w 1253 roku. Od 1089 roku relikwie św. Stanisława spoczywają na Wawelu w katedrze, ale to Skałka jest miejscem jego kultu.

Obecny kościół barokowy św. Michała i Stanisława został zbudowany w latach 1733-51 wg. projektu Antoniego Muntzera zmienionych kilka lat później przez Antonio Solariego, który to przeprojektował fasadę świątyni i wystrój wnętrza. W latach 1889-90 dokonano gruntownej restauracji kościoła pod kierunkiem architekta Karola Knausa, który zaprojektował również trójdzielną, neobarokową bramę wejściową. Obecnie budowla jest trójnawową świątynią z dwoma wieżami nakrytymi barokowymi hełmami, w fasadzie frontowej. Wejście do kościoła poprzedzają dwubiegowe schody, między którymi znajduje się wejście do Krypty Zasłużonych urządzonej w podziemiach wg. projektu Teofila Żebrawskiego w latach 1876-80. Otwarcie krypty wiązało się z 400-leciem śmierci Jana Długosza, którego prochy w niej umieszczono. Poza Długoszem w krypcie spoczywają :

– poeta Wincenty Pol (1881)

– poeta Lucjan Siemiński (1881)

– pisarz Józef Ignacy Kraszewski (1887)

– poeta Teofil Lenartowicz (1893)

– poeta Adam Asnyk (1897)

– malarz Henryk Siemiradzki (1903)

– malarz i poeta Stanisław Wyspiański (1907)

– malarz Jacek Malczewski (1929)

– muzyk Karol Szymanowski (1937)

– aktor Ludwik Solski (1954)

– matematyk i astronom Tadeusz Banachiewicz (1955)

– poeta Czesław Miłosz (2004).

Przed wejściem do kościoła znajduje się sadzawka św. Stanisława, gdzie wg. legendy porzucone zostały rozczłonkowane zwłoki biskupa. Obudowa sadzawki została wykonana w latach 1683-89 przez kamieniarza Jacka Naporę. W środku sadzawki stoi rzeźba męczennika, wykonana prawdopodobnie przez Dawida Hella. Przy świątyni stoi klasztor Ojców Paulinów zbudowany w latach 1636-1723, utrzymany w formie renesansowego zamku, ze skarpami i narożnymi wieżyczkami. 

Kościół na Skałce jest położony na południe od Wawelu między ulicami Skałeczną a Paulińską.

Zdjęcia wykonano we wrześniu 2004