Kościół pw. św. Ducha został zbudowany w 1400 roku w stylu gotyckim z fundacji krakowskiego mieszczanina. w 1410 roku z fundacji Władysława Jagiełły wzniesiony został klasztor, w którym król osadził oo. norbertanów. Jednonawowa świątynia uległa częściowemu zniszczeniu podczas pożaru w 1611 roku. Zniszczone sklepienie nawy odbudowano w stylu renesansowym nadając mu kształt kolebkowy. Wówczas też krużganek klasztorny przyległy do nawy kościoła przebudowano na jego boczną nawę, pierwotną zakrystię zmieniono w kaplicę św. Anny, budując w to miejsce nową zakrystię za absydą świątyni. W 1747 roku kościół odnowiono, a w 1755 roku dobudowano wieżę z zegarem bijącym godziny i kwadranse. Po pierwszym rozbiorze Polski mocą ustawy podpisanej przez cesarza Austrii Józefa II skasowano zakon oo norbertanów. Kościół przeznaczono na magazyn wojskowy niszcząc jego wewnętrzne wyposażenie, zabrano dzwony. Wsie klasztorne rozdano niemieckim osadnikom lub sprzedano na licytacji. W 1831 roku spustoszony klasztor i kościół, na mocy nadania cesarskiego, objęli OO. Jezuici, którzy założenie restaurowali. W 1894 roku  podczas pożaru miasta kościół wraz z wieżą i klasztor został częściowo zniszczone.

Po odbudowie świątynia przybrała dzisiejszy wygląd. Na dziedziniec kościoła, gdzie pośrodku stoi statua Matki Boskiej z końca XIX wieku, prowadzą dwie bramy barokowe z XVIII wieku. Nowe podcienia, w których ściany płaskorzeźbione są w sceny tajemnic różańcowych, zbudowano w 1980 roku. Ołtarz polowy wybudowano w 1988 roku. Do nawy głównej wprowadza przedsionek utworzony z sali opatówki. W nim znajduje się krucyfiks z XVI wieku noszący znamiona szkoły hiszpańskiej. Nawa główna przedłużona została o dawną kruchtę. We wnętrzu znajdują się cenne obrazy m.in. w ołtarzu głównym – Matki Boskiej Pocieszenia z 1569 roku malowany temperą na desce lipowej oraz wizerunek Św. Anny Samotrzeciej malowany na desce w XVI wieku. Do nawy bocznej wprowadza manierystyczny portal kamienny z ok. 1620 roku. Budynek klasztoru złożony jest z zabudowań ponorbertańskich z XVII wieku i budynków wzniesionych przez jezuitów po 1834 roku. Wraz z ścianą nawy kościoła św. Ducha tworzą czworoboczny zespół z wirydarzem pośrodku. Na południowej ścianie klasztoru od strony wirydarza czas wskazuje okazały i jedyny w Nowym Sączu zegar słoneczny. Jedno skrzydło klasztoru przedłużone jest w stronę północną. 

Od 1895 do 1945 roku miało tutaj siedzibę Małe Seminarium.

Nowy Sącz jest położony około 40 km na południe od Brzeska, przy drodze nr 75 do granicy ze Słowacją. Kościół znajduje się w północno-wschodniej części Starówki, przy ulicy Piotra Skargi.

Zdjęcia wykonano w lutym 2015 roku.