Poprzednikiem kościoła Ducha Świętego w Grudziądzu był przytułek – szpital Św. Ducha – z własną kaplicą, powstałe wkrótce po lokacji miasta w 1291 roku. W XVI wieku stał się świątynią ewangelicką. W 1598 roku kościół odzyskali katolicy, jednak z niego nie korzystali i znowu odbywały się w nim nabożeństwa protestanckie.

W 1631 roku zabudowania objęły przybyłe z Torunia benedyktynki. W tym czasie wzniesiono pierwsze zabudowania klasztorne i dokonano przebudowy kościoła. Mniszki prowadziły szkołę dla dziewcząt. Podczas „potopu” w 1656 roku kościół spłonął i zakonnice na 3 lata przeniosły się do swoich wiejskich posiadłości. Po wojnie kościół odbudowano i powstały prowizoryczne zabudowania klasztorne. W latach 1728-31 staraniem ksieni Heleny Gaudówny wzniesiono bardziej okazałe gmachy, próbując przy tej okazji rozebrać część sąsiednich murów obronnych, co spowodowało ostry konflikt z miastem. W latach 1749-50 wzniesiono ozdobną furtę klasztorną, zwaną dziś Pałacem Opatek, w której podejmowano również świeckich gości, dom kapelanów, ponadto zbudowano krużganki łączące poszczególne budynki. Kościół przedłużono ku zachodowi i z tamtej strony dodano wieżę z ażurowym hełmem. Do furty od strony dziedzińca po 1766 roku dobudowano rezydencję ksieni. Cały zespół od strony miasta otoczono murem z figurami świętych. Klasztor został skasowany przez władze pruskie w 1810 roku, choć mniszki pozostały w nim aż do 1836 roku.

W międzyczasie, w 1823 roku kościół Św. Ducha przekształcono w ewangelicką świątynię garnizonową. W kolejnych latach rozebrano wieżę, dom kapelanów, krużganki i mur wokół zabudowań. Od 1834 roku mieściło się tu seminarium nauczycielskie, ze szkołą i mieszkaniami nauczycieli. Po powrocie Grudziądza do Polski w 1920 roku kościół służył katolikom niemieckim, młodzieży gimnazjalnej, a w 1928 roku po renowacji (podczas której dobudowano kruchtę) stał się filialnym fary. Podczas walk w 1945 roku wszystkie zabudowania spłonęły, pozostały tylko uszkodzone mury. Pałac Opatek odbudowano jeszcze w latach 40-tych (choć bez tylnego skrzydła mieszkalnego) z przeznaczeniem na szkołę muzyczną. Odbudowę budynków klasztornych zakończono w 1954 roku i stały się siedzibą Muzeum, które z czasem przejęło również Pałac Opatek i sąsiednie spichrze. Kościół, odbudowany w 1959 roku, od 1980 roku jest świątynią parafialną.

Barokowy kościół jest budowlą salową, oszkarpowaną, zapewne z wykorzystaniem partii murów gotyckich. Ozdobnie rozwiązaną elewację wschodnią – dawniej od strony głównego wyjazdu z miasta – wieńczy manierystyczny szczyt, ozdobiony blendami i najeżony sterczynami. Wejście prowadzi od strony północnej. Wnętrze kryte jest żelbetowym stropem z czasów ostatniej odbudowy. Jedynym zachowanym zabytkiem ruchomym jest duży barokowy krucyfiks zawieszony na elewacji wschodniej.

Obok wschodniej części kościoła od ul. Klasztornej wznosi się piętrowy Pałac Opatek – furta z sienią wjazdową na teren zabudowań. Jest to piętrowy budynek o fasadzie podzielonej pilastrami, w których w dwóch kondygnacjach wnęk rozmieszczono 8 drewnianych późnobarokowych figur zakonnych świętych. Budynek kryty jest czterospadowym dachem. Kompleks właściwego klasztoru składa się z 2 budynków na zachód od kościoła, jednego w przedłużeniu jego osi wzdłuż ul. Wodnej, drugiego wzniesionego na krawędzi wiślanej skarpy (i na linii średniowiecznych murów obronnych), o rzucie zbliżonym do załamanej litery L. Piętrowe elewacje zdobione są pilastrami, dachy są dwuspadowe, a wyróżniającym akcentem są wysokie wolutowe szczyty na krańcach elewacji. Wnętrza uległy całkowitemu przekształceniu podczas odbudowy na cele muzealne.

Grudziądz jest położony na prawym brzegu Wisły w odległości 100 km na południe od Gdańska. Kościół Św. Ducha i zabudowania poklasztorne zajmują cały południowo-zachodni kwartał staromiejski, tworzący trójkąt ograniczony ulicami Klasztorną i Wodna oraz linia przebiegu murów obronnych.

Zdjęcia wykonano w kwietniu 2018 roku.