Gotycki kościół św. Barbary powstał w wyniku przebudowy kaplicy szpitalnej przy szpitalu dla zakaźnie chorych, co miało miejsce w 1436 roku. Decyzją biskupa kujawskiego Jana Gruszczyńskiego w dniu 28 stycznia 1456 roku kaplica szpitalna św. Barbary podniesiona została do rangi kościoła parafialnego. Świątynia w trakcie licznych działań wojennych była niejednokrotnie plądrowana i dewastowana. Po raz pierwszy w 1499 roku kościół spłonął. Następnie pożary niszczyły go w latach 1537 i 1545. Po każdym pożarze kościół był odbudowywany, a po ostatnim wzmocniono go wewnętrznymi przyporami. Po odbudowie przekształcono świątynię na kościół luterański. W 1620 roku wzniesiono czterdziestometrową wieżę, która została zwieńczona  renesansowym hełmem i ozdobiona zegarem.

Świątynia ostateczny kształt zyskała dopiero w latach 1726-28. Wtedy do gotyckiego korpusu dobudowano barokową nawę boczną, którą rozebrano po II wojnie światowej. W wyniku działań wojennych w 1945 roku zawaliły się ściany szczytowe, górna kondygnacja wieży oraz dachy, a wraz z nimi większość sklepień w północnych kaplicach oraz w arkadach oddzielających nawy. Odbudowa świątyni trwała od 1956 do 1961 roku, bez nawy bocznej, którą ostatecznie rozebrano w 1966 roku. Odsłonięte w ten sposób łuki międzynawowe wypełniono unikatowym w skali światowej witrażem, będącym kombinacją betonu i kolorowego szkła. To niezmiernie ciekawe dzieło autorstwa Barbary Massalskiej powstało w latach 1972-75. Obecne wyposażenie świątyni prawie całkowicie ma charakter współczesny. 

Kościół św. Barbary w Gdańsku jest obecnie katolicką świątynią parafialną, położoną przy skrzyżowaniu ul. Długie Ogrody z ul. św.Barbary. 

Zdjęcia wykonano w kwietniu 2009 roku.