Początki świątyni związane są z założeniem Nowego Portu. Od 1815 roku działała tutaj kaplica protestancka urządzona w domu prywatnym. W 1833 roku erygowano gminę ewangelicką, której proboszczem został pastor Karl Gustav Adolph Tennstaedt. Jego staraniem wzniesiono pierwszy kościół poświęcony 23 maja 1841 jako Himmelfahrtskirche (kościół Wniebowstąpienia). Z powodu szybkiego przyrostu mieszkańców Nowego Portu świątynia pod koniec XIX wieku okazała się niewystarczająca dla wiernych.

W 1904 roku rozpoczęto budowę nowej świątyni z inicjatywy pastora Johannesa Waltera Kuberta. Poświęcono ją 19 stycznia 1905 roku. Kościół został wzniesiony przez architekta Oskara Hossfelda, a swoim wyglądem nawiązywał się do form romańskich i gotyckich. Najbardziej rozpoznawalnym elementem świątyni stała się podwójna wieża. Wysoka na ponad 61 metrów i zakończona dwoma hełmami pokrytymi miedzianą blachą wpisała się w krajobraz Nowego Portu. We wnętrzu ewangelickiej świątyni znajdowały się również drewniane empory. Umieszczono na nich obrazy dwóch proboszczów. Kolejny obraz z wizerunkiem duchownego wisiał w zakrystii. Przechowywano tu także cenną Biblię. Sprezentowała ją świątyni cesarzowa Augusta Wiktoria.

Ostatnia wojna okazała się jednak tragiczna dla kościoła. Zniszczeniu uległy potężne hełmy wieży. Wnętrze było wypalone tak, że stopieniu uległy nawet dzwony. Ogień zniszczył ławki, balkony, 31-głosowe organy i całą więźbę dachową. Kościół został odbudowany w 1949 roku i ponownie poświęcony 18 kwietnia tegoż roku jako Morski Kościół Misyjny Niepokalanego Serca Maryi w Gdańsku. Aż do lat siedemdziesiątych trwało urządzanie wnętrza świątyni. W 1946 roku kościół został przejęty przez Zakon Braci Mniejszych (Franciszkanów-Reformatów. Po odbudowaniu i przystosowaniu dla potrzeb kultu rzymskokatolickiego kościół został uroczyście poświęcony w dniu 18 kwietnia 1949 roku. Świątynia otrzymała wtedy wezwanie: Misyjny Kościół Morski pod wezwaniem Niepokalanego Serca Maryi.

W latach 70-tych XX wieku w świątyni zostały wykonane prace, dostosowujące kościół do wymogów liturgii posoborowej. Oprócz tego, w oknach zostały zamontowane nowe witraże ze scenami nowotestamentowymi oraz z życia św. Franciszka i św. Antoniego. Na ścianach budowli zostały wykonane malowidła techniką sgraffito zaprojektowane przez Wiktora Ostrzołka. Od 1991 roku kościół należy do prowincji św. Franciszka z Asyżu Zakonu Braci Mniejszych w Poznaniu.

Morski Kościół Misyjny Niepokalanego Serca Maryi jest położony w dzielnicy Nowy Port, przy ul. Oliwskiej 2.

Zdjęcia wykonano w marcu 2025 roku.