Kościół św. Brygidy został zbudowany w połowie XIV wieku, początkowo jako kaplica pokutnic pw. św. Magdaleny. W 1374 roku w kaplicy przez kilka dni przebywały zwłoki św. Brygidy przewożone z Rzymu do Szwecji. Od tego wydarzenia rozpoczął się w Gdańsku kult świętej, podtrzymywany przez osiadły tu w 1386 roku zakon brygidek. W latach 1396-97 przy klasztorze powstał pierwszy, jednonawowy kościół św. Brygidy. Około 1416 roku została dobudowana druga nawa, a w 1514 roku dobudowano nawę południową, chór i zakrystię. Po pożarze w 1587 roku , kościół odbudowano w latach 1602-04. W latach 1615-16 przebudowano wieżę w stylu renesansowym i w 1674 roku przykryto hełmem. W 1817 roku władze pruskie skasowały zakon brygidek. a po śmierci ostatniej z zakonnic w 1838 roku przejęły klasztor, który w latach 1849-51 został rozebrany. Od 1840 roku kościół stał się świątynią parafialną. W połowie XIX wieku kościół został odnowiony.

W 1945 roku świątynia została w dużej mierze zburzona i wypalona, a w 1957 roku spłonęły resztki więźby dachowej. Odbudowę świątyni rozpoczął ks. Henryk Jankowski w 1970 roku. Prace rekonstrukcyjne prowadzono pod kierunkiem inżynierów Zenona Sykutery i Kazimierza Macura. Rekonstrukcji zniszczonych sklepień podjął się murarz Marek Mężyk, który sobie tylko wiadomymi sposobami przywrócił im dawny kształt i piękno. Odbudowano również całkowicie zniszczoną zabytkową wieżę. W wyniku podjętych robót przywrócono zewnętrznej bryle przedwojenny kształt, nie udało się jednak tego zrobić w stosunku do wewnętrznego wystroju świątyni, co bez dokumentacji i szczegółowych planów jest dzisiaj niemożliwe. W 1983 roku nowo odbudowany kościół został konsekrowany, a pięć lat później stał się Sanktuarium Matki Bożej Królowej Świata Pracy.

Wydarzeniem, które wywarło znaczący wpływ w historii kościoła św. Brygidy, były wydarzenia związane ze strajkami w Sierpniu 1980 roku, kiedy to kościół św. Brygidy stał się centrum opieki duszpasterskiej nad strajkującymi robotnikami. Po ogłoszeniu stanu wojennego 13 grudnia 1981 roku kościół św. Brygidy, dzięki ówczesnemu proboszczowi księdzu Henrykowi Jankowskiemu, stał się ważnym punktem oporu przeciwko reżimowi komunistycznemu oraz miejscem wsparcia zdelegalizowanej „Solidarności” i jej członków. Na plebanii znaleźli pomoc m.in. Lech Wałęsa, Tadeusz Mazowiecki, Jacek Kuroń, Adam Michnik, Bronisław Geremek, Andrzej Gwiazda, Marek Jurek i ksiądz Jerzy Popiełuszko. Kościół św. Brygidy, postrzegany jako kościół „Solidarności”, gromadził ludzi mających wielki i znaczący wpływ na ówczesne dzieje świata. Należeli do nich: prezydenci Stanów Zjednoczonych Ameryki Ronald Reagan z małżonką, George Bush z małżonką, prezydent Niemiec Richard von Weizsäcker, prezydent Francji François Mitterrand, premier Wielkiej Brytanii Margaret Thatcher, brytyjska księżniczka Anna, senator Edward Kennedy z rodziną, królowa Holandii Beatrix, król Szwecji Karol XVI Gustaw oraz wielu ambasadorów akredytowanych w Warszawie.

17 lipca 2010 roku w bazylice odbył się pogrzeb księdza prałata Henryka Jankowskiego (wieloletniego proboszcza parafii), na który przybyło parę tysięcy osób z Gdańska i całej Polski. Ciało księdza prałata spoczęło w krypcie kościoła św. Brygidy w nawie bocznej bazyliki.

W 2016 pod kościołem odkryto nieznaną dotąd kryptę ze szczątkami osób pochowanych w kościele. 

Kościół św. Brygidy znajduje na się Starym Mieście przy ul. Katarzynki, za kościołem św. Katarzyny.

Zdjęcia wykonano w maju 2007 roku.