Późnogotycki kościół św. Elżbiety został zbudowany na przełomie XIV i XV wieku jako kościół szpitalny, przy istniejącym przytułku dla ubogich i chorych, który został zamieniony w szpital. Budowę świątyni ukończono w 1417 roku i mimo późniejszych przebudów jej sylwetka do czasów obecnych zasadniczo nie zmieniła się. Zmianie uległa jedynie wieża i jej hełm. Świątynia jest jednonawową budowlą wzniesioną z cegły i posiada jedną wieżę na osi. Wewnątrz kościoła znajduje się jedna boczna kaplica i gwiaździste prezbiterium. Wyposażenie świątyni w stylu neogotyckim jest bardzo skromne. Wielką ozdobą kościoła św. Elżbiety są misternie wykonane po II wojnie światowej wrota wejściowe. Wrota główne ciekawym zdobieniem upamiętniają tysiąclecie Gdańska oraz półwiecze obecności palotynów w świątyni. Drzwi dostępne od strony południowej przypominają o dwóch tysiącleciach wiary chrześcijańskiej oraz dwudziestoleciu pontyfikatu Jana Pawła II. 

W połowie XVI wieku podobnie jak wiele innych świątyń gdańskich przejęty został przez protestantów. W latach 1622-1820 była to druga świątynia gdańskich kalwinistów, przeważnie miejscowych Szkotów oraz Holendrów. W 1844 roku miasto sprzedało kościół wojsku i do 1945 roku pełnił on funkcję kościoła garnizonowego. W 1945 roku, na przełomie marca i kwietnia kościół razem z szpitalem przykościelnym zostały spalone. Odbudowy, która trwała do 1947 roku, podejmują się księża pallotyni.

W dawnym szpitalu, przytulonym do świątyni od strony ulicy św. Elżbiety obecnie mieści się klasztor paulinów. W 1993 roku przeprowadzono remont, po którym kościół otrzymał obecny wystrój wnętrza. Z kościoła emitowane są msze radiowe dla marynarzy. Obecnie świątynia pełni funkcję kościoła rektorskiego, należącego do parafii św. Brygidy. 

Kościół św. Elżbiety znajduje się prawie naprzeciw dworca głównego, przy ul. Wały Jagiellońskie, obok kina Krewetka.

Zdjęcia wykonano w maju 2009 roku.