W 1232 roku książę wielkopolski Władysław Odonic nadał ziemię kostrzyńską templariuszom. W 1249 roku miasto zostało stolicą kasztelanii kostrzyńskiej. W 1261 roku miasto przeszło w ręce Brandenburczyków. Około 1300 roku zostały mu nadane prawa magdeburskie. W 1319 wybuchła wojna o przynależność regionu, który zajął książę wołogoski Warcisław IV. W 1323 roku w mieście zawarty został pokój pomorsko-saski i około 1324-26 miasto zostało ponownie włączone do Brandenburgii, a od 1373 roku znalazło się w granicach Korony Czeskiej. W 1402 roku zawarto porozumienie w sprawie sprzedaży miasta Polsce, jednakże ostatecznie czescy Luksemburgowie sprzedali je jeszcze w tym samym roku Krzyżakom. Po wybuchu Wojny trzynastoletniej w 1454 roku Krzyżacy sprzedali miasto z regionem Marchii Brandenburskiej, aby pozyskać środki na prowadzenie wojny z Polską.

W latach 1535–71 ze względu na dogodne położenie obronne margrabia Jan Hohenzollern przeniósł swoją rezydencję do Kostrzyna i rozpoczął przebudowę zamku oraz budowę potężnej twierdzy. Miasto stało się stolicą nowego margrabstwa – Brandenburgii-Kostrzyn, potocznie nazywanego też Nową Marchią. W 1631 roku podczas wojny trzydziestoletniej Szwedzi rozbudowali twierdzę o nowe szańce i raweliny. Częste i dotkliwe powodzie nawiedzające miasto spowodowały, że w 1785 roku rozpoczęto prace regulacyjne biegu Odry i Warty. Wykopano kanał Fryderyka Wilhelma i odtąd Warta uchodzi do Odry na północ od twierdzy. W latach 1806–14 miasto znajdowało się pod okupacją francuską. Po przeniesieniu siedziby władz nowomarchijskich do Frankfurtu w 1815 roku Kostrzyn wchodził w rejencję frankfurcką. W 1816 roku został utworzony powiat kostrzyński. Miasto rozwijało się dynamicznie, a w szczególności Krótkie Przedmieście. Powstały pierwsze fabryki, linie kolejowe oraz nastąpiło ożywienie w zakresie żeglugi.

W roku 1939 miasto  liczyło 24 tys. mieszkańców (nie licząc wojska i ich rodzin). Od września 1939 roku do stycznia 1945 roku w obecnej dzielnicy Drzewice funkcjonował niemiecki obóz jeniecki Stalag III C. 31 stycznia 1945 roku do miasta, stanowiącego strategiczną „bramę do Berlina”, dotarły wojska sowieckie. Do 19 lutego ewakuowano na zachód całą ludność Kostrzyna, miasto zaś zamieniono w twierdzę. Ciężkie walki o jej zdobycie połączone ze zmasowanym radzieckim ostrzałem artyleryjskim trwały aż do 30 marca, kiedy to poddały się Stare Miasto i cytadela. Kostrzyn uległ niemal całkowitej ruinie.

W wyniku ustaleń poczdamskich Odra stała się polsko-niemiecką rzeką graniczną, dzieląc miasto. W 1946 roku miasto liczyło 634 mieszkańców. Początkowo Kostrzyn był miastem zamkniętym, jedynymi mieszkańcami byli kolejarze i celnicy. Od 2004 roku w Kostrzynie nad Odrą organizowany jest Poland Rock Festival (do 2017 roku znany jako Przystanek Woodstock) – jeden z największych festiwali muzyki rockowej w Europie. Większość zabytków miasta została zniszczona w 95% i nieodbudowana. Według rejestru na listę zabytków wpisane są:

– fortyfikacje Twierdzy Kostrzyn, ziemno-murowane, budowane w latach 1537–68, przebudowane w XIX wieku. Pierwsze fortyfikacje w Kostrzynie stanowił zamek zbudowany w XV wieku. Nowoczesne fortyfikacje wzniesiono w czasie, gdy miasto było stolicą Nowej Marchii w drugiej połowie XVI wieku. Kostrzyn otoczono wtedy fortyfikacjami bastionowymi zaprojektowanymi na wzór włoski, które częściowo przetrwały do dziś. Twierdza była stopniowo rozbudowywana o nowe elementy przez następne stulecia. W latach 80-tych XIX wieku Kostrzyn stał się twierdzą fortową – wokół miasta zbudowano pierścień czterech fortów – Fort Czarnów; Fort Gorgast; Fort Sarbinowo i Fort Żabice. Są one zachowane w różnym stopniu do dziś. Miasto Kostrzyn nad Odrą w wyniku oblężenia zostało bardzo poważnie zniszczone w 1945 roku (95% budynków), a wraz z nim duża część dawnych umocnień bastionowych. Zachowane części są obecnie poddawane restauracji. Obecnie teren twierdzy przedzielony jest granicą polsko-niemiecką, przy czym większość obiektów dawnej twierdzy znajduje się po stronie polskiej. Turystycznie wykorzystany jest Bastion Filip, Brama Chyżańska i Brama Berlińska (będące elementami składowymi miasta–twierdzy).

–  relikty zamku z połowy XVI wieku (osobny artykuł), –  ruiny kościoła Mariackiego z 1396 roku, na starym mieście, –  Brama Berlińska pełni funkcję centrum informacji turystycznej,

– Stalag III C – teren obozu jenieckiego na os. Drzewice, cmentarz pomordowanych jeńców, – Pomnik Lwa” – pomnik poległych w I wojnie światowej,

– tablica z popiersiem św. Klemensa Marii Hofbauera w kościele pw. NMP Matki Kościoła, upamiętniająca uwięzienie w twierdzy w 1808 roku.

Kostrzyn jest położony nad Odrą przy ujściu Warty, około 40 km na zachód od Gorzowa Wielkopolskiego. Wjeżdżając do miasta drogą nr 22, na pierwszym rondzie za stacją benzynową należy skręcić w lewo. Wjeżdżając drogą nr 31 kierujemy się za znakami na Stare Miasto.

Zdjęcia wykonano w maju 2022 roku.