Sanktuarium św. Jana Pawła II zostało erygowane 11 czerwca 2011 roku przez ks. kard. Stanisława Dziwisza. Tego dnia rozpoczął się oficjalny kult Jana Pawła II w tym miejscu. Pierwszym kustoszem sanktuarium został ustanowiony Prezes Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!”, Wikariusz Biskupi Ksiądz Prałat Jan Kabziński.

Jedną z głównych budowli sanktuarium jest Kościół św. Jana Pawła II. Kościół zbudowany jest na planie ośmiokąta i stylem nawiązuje do bizantyńskich kościołów Rawenny. Projektował go Andrzej Mikulski. Ma dwa poziomy: Kościół relikwii (kościół dolny) oraz kościół górny. Obok kościoła zbudowano wieżę widokową.

Kościół relikwii (dolny) jest ośmioboczną salą z ołtarzem w centrum. W  ołtarzu widnieje obraz przedstawiający Jana Pawła II w otoczeniu  polskich świętych, wyniesionych przez Papieża Polaka na ołtarze. Są to m.in.: Jan z Dukli, Rafał Kalinowski, Kinga, Brat Albert, Królowa Jadwiga, Siostra Faustyna Kowalska, Edyta Stein, Maksymilian Maria Kolbe, bp Józef Pelczar, Siostra Urszula Ledóchowska. Wewnątrz marmurowego ołtarza umieszczono relikwię, zamkniętą w szklanej szkatule ampułkę z krwią papieża, pobraną podczas jednego z badań w klinice Gemelli. Obok znajduje się papieski krzyż pastoralny Jana Pawła II. Na ścianach Kościoła Relikwii znajdują się obrazy przedstawiające wizyty Jana Pawła II w sanktuariach: w Fatimie, Lourdes, Mariazell, Altötting, Częstochowie i Kalwarii Zebrzydowskiej.

Sala otoczona jest wieńcem kaplic służących modlitwie i oratoriów poświęconych sanktuariom maryjnym.

W Kaplicy kapłańskiej, zaprojektowanej na wzór krypty św. Leonarda na Wawelu, znajduje się płyta z grobu Jana Pawła II pochodząca z Grot Watykańskich Bazyliki św. Piotra w Watykanie. Na płycie umieszczony jest relikwiarz w formie otwartego ewangeliarza. W gablotach na ścianach prezentowane są najcenniejsze pamiątki po Ojcu Świętym i przedmioty, których używał. Wśród nich znajduje się m.in. papieski krzyż pastoralny, ornat wraz z mitrą oraz krzyż przed którym modlił się Jan Paweł II w swojej prywatnej kaplicy w czasie ostatniej za życia drogi krzyżowej w rzymskim Coloseum w 2005 roku. W jednej z kaplic są pochowani kardynałowie: Andrzej Maria Deskur (zm. 3 września 2011 w Watykanie) i Stanisław Nagy SCJ (zm. 5 czerwca 2013 w Krakowie).

Wyjątkowy charakter ma kaplica św. Kingi ufundowana przez Kopalnię Soli w Wieliczce. W jej centralnej części  znajduje się wykonana z soli figura świętej,  zaś ściany zdobią solne płaskorzeźby przedstawiające sceny z Ewangelii.

Oratoria poświęcone są Najświętszej Maryi Pannie, której losy swoje i całego świata zawierzył Jan Paweł II w papieskim zawołaniu „Totus Tuus”. Znajdują się w nich wizerunki Matki Bożej przekazane w darze do Sanktuarium z różnych części świata. Wśród nich wizerunek Maryi z Loreto, Santa Maria Maggiore w Rzymie.

Kościół górny ma także kształt ośmiokąta. Prezbiterium i ściany są ozdobione mozaikami, które projektował o. Marko Ivan Rupnik SJ. Wokół nawy głównej rozmieszczono 4 kaplice główne (adoracji, chrzcielna, MB Częstochowskiej oraz MB Fatimskiej), a także znajdujące się za prezbiterium kaplice Nazaretańską, Betlejemską oraz krzyżową. Do kościoła prowadzi troje odlanych z brązu drzwi przedstawiających sceny z życia Jana Pawła II. W bocznej części kościoła została umieszczona relikwia – sutanna, którą miał Jan Paweł II w trakcie zamachu w dniu 13 maja 1981 roku.

Sanktuarium św. Jana Pawła II znajduje się w południowej części Krakowa, w Jugowicach, w Dzielnicy IX przy ul. Totus Tuus, około 800 m na południe od Sanktuarium.

Zdjęcia wykonano w marcu 2013 roku.