Około 1274 roku Krzyżacy zaczęli wznosić, częściowo z materiałów uzyskanych z rozbiórki starych zabudowań klasztornych grodu w Zantyrze, silnie ufortyfikowany zamek w dolnym biegu Nogatu. Budowany zamek i otaczającą go osada nazwano Marienburg, czyli zamek Marii, od imienia patronki Zakonu. Osada w 1286 roku otrzymała prawa miejskie chełmińskie. Na południe od terenów zamkowych wytyczono działki dla osiedleńców. Późniejsza zabudowa ciągnęła się wzdłuż jednej ulicy, rozszerzającej się w połowie, tworząc w ten sposób rynek (szerokości ok. 30 m, a długości ok. 300 m). Domy o konstrukcji szkieletowej z podcieniami ustawiono szczytami w jego stronę. Jedna pierzeja, wschodnia, nosiła nazwę Wysokich Podcieni, zachodnia – Niskich Podcieni. Równolegle do rynku biegły ulice: na zachodzie – Schuhgasse, gdyż prowadziła do bramy nazywanej od czasów oblężeń szwedzkich Bramą Szewską, na wschodzie – Kratzhammer i Neustadt. W północno-zachodniej części miasta usytuowana była fara pw. św. Jana. Następnym ważnym obiektem był ratusz. Początkowo miasto posiadało niezbyt wysokie mury z basztami i wieżami bramnymi: Mariacką, Garncarską i Szewską. Od strony rzeki mury i wał wzmocniono skarpami. Od systemu obronnego zamku miasto oddzielała fosa i mur oporowy. W latach 1352–83 mury obronne miasta podwyższono, a w ciągu wschodnim wzmocniono je dodatkowo siedmioma basztami trójbocznymi, otwartymi od strony miasta. Miasto rozwijało się dzięki dogodnemu połączeniu drogami wodnymi z Wisłą i Nogatem do Chełmna, Grudziądza, Torunia i Elbląga, a także do Gdańska. Malbork w XIV wieku był miastem średniej wielkości pod względem obszaru, jaki zajmował, jak zabudowy i gospodarki. Społecznością miejską rządziła siedmio-ośmioosobowa rada, na której czele stał burmistrz. W mieście było wówczas około 85 domów i 89 budynków gospodarczych. Zabór Pomorza Gdańskiego umożliwił Krzyżakom ostateczne przeniesienie stolicy z Wenecji do Malborka. W latach 1309–1457 Malbork był siedzibą wielkiego mistrza Zakonu Krzyżackiego i stolicą państwa zakonnego.

Zamek malborski stał się własnością królewską na podstawie aktu inkorporacji Prus do  Polski co nastąpiło 6 marca 1454 roku. W latach 1466–1772 Malbork był miastem królewskim. Na czele władz miejskich stał samorząd złożony z rajców i wybieranego przez nich burmistrza. Miasto podlegało władzy starosty malborskiego, jako bezpośredniego przedstawiciela króla, który corocznie za pośrednictwem swego przedstawiciela (burgrabiego lub wójta malborskiego) zatwierdzał wybór do rady miejskiej. Pod względem administracyjnym Malbork włączono do województwa malborskiego, od którego wzięło ono jedynie swoją nazwę, miasto nie było jednakże nigdy jego stolicą. W zamku malborskim znajdowała się rezydencja królów polskich używana podczas ich pobytów w Prusach i w drodze do Gdańska. W XVI wieku na skutek postępów reformacji większość mieszczan malborskich oraz mieszkańców Żuław Malborskich przeszła na luteranizm.

Po I rozbiorze Polski w 1772 roku Malbork włączono do nowo utworzonej prowincji Prusy Zachodnie ze stolicą w Kwidzynie (a od 1793 w Gdańsku). 26 lipca 1899 i 6 grudnia 1902 roku w Malborku doszło do dwóch pożarów, w wyniku których zniszczeniu uległo Stare Miasto. W pierwszym z nich, który wybuchł w zakładzie rzeźnickim Brünlingera przy Wysokich Podcieniach, spłonęło 17 kamienic podcieniowych w zachodniej pierzei rynku oraz 32 spichlerze nad Nogatem, a także dach ratusza, w wyniku czego dach nad głową straciło 200 osób, a straty sięgnęły 2 mln marek. Drugi pożar pochłonął 5 kamienic, a akcję ratowniczą utrudniały 22-stopniowe mrozy. Zniszczeń dopełnił huragan w święta Bożego Narodzenia 25/26 grudnia 1902 roku. Wskutek powstania w 1920 roku Wolnego Miasta Gdańska miasto utraciło zachodnie przedmieście Kałdowo. W lipcu 1920 roku mieszkańcy Powiśla, w tym i Malborka, zdecydowali w plebiscycie o przynależności do Niemiec. W 1924 roku powstało lotnisko pasażerskie, zapewniające codzienne połączenia z Berlinem, Gdańskiem, Elblągiem i Olsztynem, a rok później pojawiła się miejska komunikacja autobusowa. W latach 1927–29 przy obecnym placu Słowiańskim powstał Nowy Ratusz mieszczący również bibliotekę, miejską kasę oszczędności oraz szkołę handlową.W 1945 roku po walkach trwających od 26 stycznia do 17 marca miasto zostało opanowane przez jednostki 2 armii uderzeniowej 2 Frontu Białoruskiego. W wyniku walk o miasto zniszczeniu uległo 80% substancji budowlanej Malborka. 9 marca 1945 wysadzono w powietrze mosty na Nogacie. Miasto zostało włączone do Polski. Ocalała ludność niemiecka została wysiedlona podczas akcji zimowej, pierwszymi transportami z 5 stycznia 1947. Od 28 czerwca 1947 zaczęły napływać na teren powiatu malborskiego transporty wznowionej akcji osiedleńczej ludności teraźniejszej Ukrainy.

Po wojnie stopniowe usuwanie szkód wojennych sprowadzało się do systematycznego wyburzania pozostałości zabudowy malborskiego Starego Miasta. Odzyskaną cegłę oddawano na odbudowę Warszawy. Jedynymi reliktami gotyckiego miasta pozostały kościół farny, ratusz, dwie bramy miejskie i fragmenty murów obronnych. Obecnie stare miasto Malborka zajmuje osiedle czteropiętrowych bloków o luźnej zabudowie. Zachowano jednak orientacyjny układ średniowiecznych ulic z długim rynkiem i ulicami gospodarczymi, odrestaurowano ratusz, kościół św. Jana, dwie wieże bramne, fragmenty murów obronnych i gotyckie mury szkoły. 28 października 2008 podczas prac budowlanych odkryto grób masowy 2116 osób, prawdopodobnie mieszkańców miasta, którzy nie posłuchali rozkazu ewakuacji. Ponieśli oni najprawdopodobniej śmierć podczas walk w mieście oraz podczas oblężenia miasta z rąk Armii Czerwonej lub wskutek chorób i chłodu. 100 osób, sądząc po śladach na czaszkach, zostało zastrzelonych.

Malbork jest położony około 62 km na południowy-wschód od Gdańska. Zdjęcia wykonano w Lipcu 2023 roku.