Kościół pw. św. Małgorzaty w Nowym Sączu został wzniesiony na przełomie XIII / XIV wieku. W roku 1448 świątynia została podniesiona przez biskupa krakowskiego Zbigniewa Oleśnickiego do rangi kolegiaty. W XV wieku kościół przebudowano, powstały m.in. dwie wieże: północna (1460 r.) i południowa (1507 r.). Ta ostatnia odgrywała rolę dzwonnicy. Przebudowy te doprowadziły do zatarcia dawnych cech stylowych. W czasie I wojny światowej Austriacy zarekwirowali dzwony kościelne na cele wojenne; podobnie postąpili Niemcy z 2 dzwonami w roku 1941. W okresie międzywojennym rozpoczęto odnowę i częściową rekonstrukcję dawnego wyglądu kościoła. W latach 1955–59 nastąpiła przebudowa wież, nadająca im dawny wygląd; w latach 1969–73 przebudowano wnętrza.

Kościół w swojej pierwotnej gotyckiej postaci posiadał układ dwunawowy z trzema filarami ustawionymi na osi świątyni. Rozwiązanie takie było dosyć rzadko stosowane ze względu na ograniczenie funkcjonalności i sprzeczność z zasadami klasycznej kompozycji architektonicznej, uznającej za błąd ustawianie podpór na osi budowli. Układ ten nie zachował się – podpory zostały usunięte podczas przebudowy, a pierwotne sklepienia nad nawami zastąpiono najpierw płaskim stropem drewnianym, a następnie stropem żelbetowym. W 1992 roku papież Jan Paweł II nadał kościołowi tytuł bazyliki mniejszej.

Obecna świątynia posiada elementy gotyckie i barokowe. W jego skład wchodzi barokowa fasada z dwiema wieżami, nawa główna poprzedzona kruchtą łączącą wieże i kaplice po bokach nawy. W ołtarzu głównym znajduje się obraz z kręgu Veraicon – wizerunek Przemienienia Pańskiego, pochodzenia wołoskiego, datowany na XV wiek, przeniesiony tu w 1785 roku. Ponadto wyposażenie wnętrza stanowią m.in.: figura Madonny z Dzieciątkiem z XIV wieku, fryz z płaskorzeźb apostołów przywieziony po bitwie grunwaldzkiej, trzy portale gotyckie z XV wieku, chrzcielnica z 1557 roku, ołtarz główny i dwa boczne, późnorenesansowe z XVII wieku i w nawie dwa rokokowe ołtarze boczne. Najstarszym malowidłem jest fragmentaryczna (odkryta w roku 1970) gotycka polichromia z 1360 roku na południowej ścianie prezbiterium, przedstawiająca sceny męczeństwa i ukrzyżowania. W przyziemiu północnej wieży kolegiaty zachowały się drzwi, na których w 1617 roku podpisało się czterech hejnalistów miejskich. Napis ten, znany z rysunku Stanisława Wyspiańskiego, dziś jest już słabo czytelny. 

Nowy Sącz jest położony około 40 km na południe od Brzeska, przy drodze nr 75 do granicy ze Słowacją. Kościół znajduje się we wschodniej części Starówki, przy ulicy Świętego Ducha.

Zdjęcia wykonano w lutym 2015 roku.