Kościół i klasztor w Oborach został ufundowany w 1605 roku przez Łukasza i Annę Rudzowskich, dla karmelitów sprowadzonych z Bydgoszczy. Za wieczystą opiekę nad kościołem fundatorzy obiecali ojcom wybudować świątynię i klasztor oraz przekazać połowę dóbr Obory.

Pierwsze kolejne dwa kościoły  były drewniane i usytuowano je na szczycie wzniesienia zwanego „Grodzisko”. Pierwszy (wraz z zabudowaniami klasztornymi) spłonął w 1612 roku, wkrótce po śmierci fundatora. Wówczas Anna Rudzowska, chcąc podtrzymać fundację, zawarła z karmelitami w 1617 roku nową umowę, na mocy której oddała ojcom dodatkowo połowę dóbr Obory zapisanych jej przez męża. Równocześnie zobowiązała zakon do odbudowania zespołu klasztornego w ciągu dziesięciu lat oraz do nie sprzedawania dóbr oborskich. Tak u stóp Grodziska powstał w Oborach drugi kościół drewniany. Karmelici wznieśli go w latach 1617-1618, jednak kościół ten szybko okazał się zbyt mały w stosunku do rosnących potrzeb gromadzących się tu wiernych.

W 1642 roku drewnianą nawę świątyni zastąpiono murowaną. W 1694 roku wzniesiono obecne prezbiterium, a w 1740 roku kaplicę południową, z fundacji kasztelana chełmińskiego – Juliana Dziewanowskiego. W roku 1747 powstała zakrystia z lożą. Kościół odnowiono w 1765 roku.

Tak postała świątynia jest murowana w stylu barokowym, z kryptami w podziemiu. Kościół jest jednonawowy, z prosto zamkniętym prezbiterium, przy którym znajduje się kwadratowa zakrystia z lożą na piętrze.  Wewnątrz kościoła znajdują się sklepienia: w prezbiterium kolebkowe z lunetami, w nawie pozorne i łuku odcinkowym silnie spłaszczonym, a w kaplicy i w zakrystii – krzyżowe. Ołtarz główny pochodzi z 1696 roku, ale w XVIII wieku był kilkakrotnie przebudowywany i odnawiany. Niszę w środkowym polu ołtarza zajmuje łaskami słynąca figura Matki Bożej Bolesnej, patronki świątyni. Od 1977 roku Pieta zabezpieczona jest pancerną zasuwą. Jej odsłonięciu i zamknięciu towarzyszą oborskie fanfary. Pieta jest dziełem pomorskiego artysty z końca XIV wieku. Jest niewielka (64,5 cm wysokości i  42 cm szerokości), wyrzeźbiona z drzewa lipowego, silnie wydrążona i pokryta polichromią. Przedstawia Bolesną Matkę pochyloną nad zdjętym z Krzyża i złożonym na jej kolanach ciałem Syna. W oborskim kościele zachowały się liczne wota, świadczące o cudach doznanych przez pątników.

Natomiast klasztor po pożarze w 1626 roku zastąpiono budynkiem drewnianym, który w latach 1647 i 1718 został częściowo rozbudowany w cegle. W latach 1741-1753 wzniesiono w stylu barokowym murowany klasztor z wieżą nad skrzydłem zachodnim, ukończoną w 1749 roku. Uległ on częściowemu spaleniu w 1821 roku, a odbudowano go w 1825 roku. Klasztor i cmentarz kościelny otacza mur z XVIII wieku, z barokową bramą z 1756 roku i kapliczką z drugiej połowy XVIII wieku.

U podnóża założenia, w parku usytuowano drogę krzyżową z figurami w nadnaturalnej wielkości. Na dziedzińcu klasztornym wypływa źródełko św. Eliasza, a za kościołem znajduje się całoroczna szopka Bożonarodzeniowa. Po upadku powstania styczniowego Rosjanie urządzili tu miejsce odosobnienia duchowieństwa zakonnego i diecezjalnego, oskarżonego o udział i popieranie powstania. Na początku II wojny światowej, w okresie od 30 października 1939 roku do 22 lutego 1940 roku hitlerowcy więzili tu kilkudziesięciu księży z diecezji płockiej i chełmińskiej, których następnie skierowano do obozów koncentracyjnych na terenie Rzeszy. Zdecydowana większość z nich tam poniosła męczeńską śmierć.

W dniu 18 lipca 1976 roku prymas Stefan Wyszyński ukoronował Figurę Matki Bożej Bolesnej koronami papieskimi. W ostatnich latach sanktuarium jest licznie odwiedzane przez pielgrzymki z całej Polski. Główne uroczystości odpustowe tzw.”Wieczernik” odbywają się w każdą sobotę i trwają od godziny 11 do wieczora.

Obory są położone około 16 km na południowy wschód od Golubia-Dobrzynia, 4 km na wschód od Zbójna. Sanktuarium Matki Bożej Bolesnej w Oborach położone jest na stromym wzniesieniu, nad jeziorem Głęboczek.

Zdjęcia wykonano w maju 2009 roku.