Okolice miasta były zamieszkane już w neolicie. W XI wieku istniała tu słowiańska osada, która do I połowy XIII wieku znajdowała się we władaniu Polski. U schyłku XII wieku w mieście założony został klasztor cystersów. Później obszar ten został włączony do Królestwa Węgier.
\Pierwsza pisemna wzmianka o Bardejowie (słow-Bardejov) pochodzi z 1241 roku. Na przełomie XIII i XIV wieku osiedlili się w mieście niemieccy osadnicy ze Śląska. W XIV i XV wieku Bardejów był ważnym ośrodkiem rzemiosła i handlu, zdobywając kolejne przywileje, m.in. prawo składu. Do rozkwitu miasta przyczyniło się jego położenie na szlaku handlowym z Półwyspu Bałkańskiego do Polski i na Ruś. Kupcy bardejowscy m.in. sprzedawali w Polsce wina tokajskie. W 1367 roku miasto zostało podniesione do rangi wolnego miasta królewskiego. W 1412 roku król Węgier Zygmunt Luksemburski zastawił Bardejów polskiemu szlachcicowi A. Balickiemu pod pożyczkę 13 000 złotych. Od XV wieku Bardejów był członkiem związku pięciu miast wschodniej Słowacji – Pentapolitany.
Rozwoju miasta nie załamały liczne dotykające go konflikty zbrojne. Podczas wojny polsko-węgierskiej w 1402 roku miasto oblegały wojska polskie. W 1410 roku pod miastem miała miejsce bitwa, w której wojska polskie pokonały sprzymierzone z Krzyżakami oddziały króla Zygmunta Luksemburskiego pod dowództwem Ścibora ze Ściborzyc, które uprzednio najechały ziemię sądecką. W 1430 roku miasto napadli husyci. Później niszczyły je wojny węgiersko-habsburskie i wojny z Turkami. Szczyt rozwoju Bardejowa przypadł na przełom XVI i XVII wieku. Z tego czasu pochodzi większość zabytkowych budowli. W mieście działała publiczna biblioteka, istniały dwie drukarnie, gimnazjum i teatr.
Pod koniec XVII wieku miasto zaczęło podupadać. W 1679 roku dotknęła je epidemia, w 1680 roku wielki pożar; podobne katastrofy powtarzały się przez cały XVIII wiek, gdy doszły do nich jeszcze toczące się w tych okolicach węgierskie powstania przeciw Habsburgom. Od XVIII wieku datuje się lecznicze wykorzystanie okolicznych źródeł mineralnych. Impulsem do ponownego rozwoju miasta było połączenie go linią kolejową z Preszowem w 1893 roku. W 1910 roku miasto miało 6,6 tys. mieszkańców, z czego 2,6 tys. Słowaków, 2,2 tys. Węgrów i 1,6 tys. Niemców. I i II wojna światowa ominęły miasto.
Po II wojnie światowej w mieście powstały liczne zakłady: przemysłu maszynowego, obuwniczego, skórzanego, meblarskiego i spożywczego. W latach 50-tych XX wieku ruszyła odbudowa i renowacja starówki. Zastój w rozwoju miasta w XVIII i w XIX wieku pozwolił na zachowanie wielu zabytków, które przy intensywnej urbanizacji zapewne uległyby zniszczeniu. Z tego powodu w 1950 roku centrum Bardejowa ogłoszono rezerwatem miejskim. W 2000 roku bardejowskie Stare Miasto zostało wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO.
Najważniejszym zabytkiem miasta jest kościół (bazylika mniejsza) pw. św. Idziego (dom sv. Egidia) z XIV wieku, rozbudowany w połowie XV wieku, później wielokrotnie restaurowany. Z jego wieży roztacza się widok na zabytkowe centrum i okolice. Wewnątrz zachowało się jedenaście późnogotyckich ołtarzy skrzydłowych z lat 1460-1520, stojących w swych pierwotnych lokalizacjach, co jest ewenementem na skalę europejską.
Poza tym w Bardejowie znajdują się:
- najlepiej zachowane na Słowacji mury obronne z XIV-XVI wieku z dwiema bramami, basztami i barbakanem,
- nietknięty późnogotycko-wczesnorenesansowy ratusz z 1505-11, najstarszy renesansowy zabytek Słowacji; obecnie mieszczą się w nim Muzeum Szaryskie i Muzeum Historii Bardejova,
- całość gotyckich (z wpływami renesansowymi) kamienic otaczających rynek,
- kościół pw. Jana Chrzciciela z XV wieku, pierwotnie gotycki, w XVII wieku przebudowany na renesansowy,
- unikatowy na tych terenach zespół budynków gminy żydowskiej z XVIII wieku: synagoga, szkoła, łaźnia, rzeźnia, budynek władz gminy i cmentarz,
- fontanna z rzeźbą św. Floriana z 1774 roku, upamiętniające wielki pożar z tego roku.
Kilka kilometrów od Bardejowa znajduje się uzdrowisko Bardejów-Zdrój i Muzeum Architektury Ludowej (skansen).
Zdjęcia wykonano w lutym 2015 roku.