Gotycką, ceglaną, nieorientowaną świątynię wznoszono etapami – budowę murowanego prezbiterium rozpoczęto ok. 1300 roku, a ukończono w latach trzydziestych XIV wieku. Jak wykazano podczas wykonanych w 2008 roku badań dendrochronologicznych więźby dachowej korpusu, belki więźby ścięto zimą 1368/69, konstrukcję dachową korpusu kościoła wykonano zatem w 1369 lub najpóźniej w 1370 roku. Korpus nawowy wzniesiono zatem w latach 1350-1360. W XV wieku dobudowano 10 kaplic między szkarpami. 

Przy świątyni książę pomorski Barnim I ufundował franciszkanom klasztor, który pierwotnie był zapewne drewniany. Podczas reformacji zakonnicy opuścili klasztor, a parafianie i duchowni w większości przeszli na luteranizm. Od tej chwili, aż do 1945 roku kościół był świątynią ewangelicką.

Kościół kilkakrotnie był remontowany (m.in. w 1702 i 1834-37). W II połowie XVI wieku budynki klasztorne zmieniono na szpital św. Jana, zaś kościół dalej służył celom religijnym, aż do czasów okupacji francuskiej w latach 1809-13, kiedy to został zamieniony na magazyn. W późniejszych latach był przez długi czas (aż do remontu) zamknięty, ponieważ groził zawaleniem (do dnia dzisiejszego niektóre filary w kościele są wyraźnie odchylone od pionu).  Stare zabudowania klasztorne rozebrano w połowie XIX wieku i w ich miejscu powstała zabudowa stylizowanych budynków parafialnych.

Kościół jest budowlą halową, nie posiadającą wieży lecz charakterystyczną sygnaturkę umieszczoną między prezbiterium a korpusem.  Prezbiterium jest trzyprzęsłowe, jednonawowe, zakończone siedmiobocznie. Od nawy oddziela je łuk tęczowy zakończony wspornikami figuralnymi. W prezbiterium znajduje się gotycki fryz z motywem winnej latorośli. Do trzynawowej hali przylega chór, który nietypowo rozszerza się przy końcu. Między przyporami naw bocznych znajduje się rząd płytkich kaplic. Wewnątrz widać ozdobne detale kamieniarskie, wsporniki łuku tęczowego w kształcie mnichów, liczne płyty nagrobne. Na zewnętrznej elewacji umieszczono fryz w kształcie winorośli, trójkątne szczyty korpusu ozdobione są sterczynami i blendami. Z XV i XVI wieku pochodzą szczególnie cenne polichromie we wnętrzu kościoła. Przedstawiają one chłopca z herbem Szczecina oraz Maryję  w otoczeniu świętych (I ćwierćwiecze XV wieku), mistyczne zaślubiny św. Katarzyny (druga ćwierć XV wieku), sceny z biskupem przy ołtarzu (I ćwierćwiecze XVI wieku) oraz ornament roślinny (II poł. XV wieku). W ścianę kościoła wmurowane jest średniowieczne epitafium Henriciusa i Gertrudy Rabenstorpów z 1378 roku. Historyczne wyposażenie kościoła nie zachowało się. Ołtarz główny zaprojektowany został przez prof. Jana Piaseckiego z Poznania, a wykonany przez Józefa Murlewskiego w latach sześćdziesiątych XX w. Pozostałe wyposażenie prezbiterium (ołtarz soborowy, krzyż, ambona, lichtarze itp.) zaprojektował prof. Romuald Sołtys. Kościół wyposażony jest w barokowe organy z drugiej poł. XVIII wieku, pochodzące z Mazowsza. W latach 1957-58 przeprowadzono kapitalny remont obiektu po zniszczeniach wojennych. Kościół został przekazany księżom pallotynom.

Kościół św. Jana Ewangelisty jest położony przy ul. św. Ducha 9.

Zdjęcia wykonano w maju 2022 roku.