Kamień węgielny pod budowę gotyckiego kościoła św. Jakuba położył biskup Herman w 1309 roku. W tym samym roku rozpoczęto budowę prezbiterium, które nakryto sklepieniem gwiaździstym, natomiast w przęsło wschodnie nakryto sklepieniem pseudopoligonalnym, w wyniku czego od wewnątrz prezbiterium sprawia wrażenie zamkniętego wielobocznie. Od zewnątrz prezbiterium otrzymało bogatą dekorację architektoniczną, m.in. szczyt wschodni, wieżyczkę schodową oraz ceramiczną inskrypcję fundacyjną. Do 1340 roku ukształtowano bryłę kościoła, który posiada rzadko spotykany na terenie Ziemi chełmińskiej układ bazyliki trójnawowej, emporowej z łukami odporowymi i wysokimi, ozdobionymi pełzakami (żabkami) i kwiatonami pinaklami. Od 1359 roku do pierwszej połowy XV wieku po bokach korpusu dobudowano kaplice boczne, jednocześnie podwyższając dachy naw bocznych i ukrywając pod nimi łuki odporowe, co pozostawiło widoczne do dziś ślady w elewacji kościoła. Charakterystyczny podwójny dach wieży został zbudowany po pożarze w 1455 roku.

W 1345 roku prawo patronatu nad kościołem otrzymał klasztor cysterek, z czasem benedyktynek. Od 1557 roku kościół służył nowomiejskim ewangelikom, a w 1667 roku został ponownie przejęty przez benedyktynki (do 1833). Podczas wojny północnej w 1703 wojska szwedzkie zrabowały 2 największe dzwony. Jeden z nich, zwany Thornan znajduje się w katedrze w Uppsali i jest obecnie największym dzwonem w Szwecji. W 1724 roku w sąsiedztwie tegoż kościoła rozpoczęły swój bieg wypadki nazwane później tumultem toruńskim.

Wymiary świątyni: długość kościoła – 53 m, wysokość nawy głównej – 20,65 m, wysokość naw bocznych – 9,70 m, wysokość wieży – 49 m, szerokość kościoła 28,80 m. Na zewnątrz prezbiterium umieszczony został majuskułowy fryz inskrypcyjny w języku łacińskim, biegnący od południowej wieżyczki schodowej aż do zakrystii. Napis mówi o tym, że chór kościoła ma być poświęcony czci dwóch świętych, Jakuba i Filipa. Po południowej stronie kościoła znajduje się przebudowany budynek dawnego klasztoru, z którym kiedyś był połączony szerokim gankiem.

Wnętrze kościoła kryje niezwykle cenny zespół zabytków, z których część została tu przeniesiona w XIX wieku po zburzeniu przez Prusaków kościoła dominikanów. Najważniejszymi skarbami z epoki gotyku są:

– XIV-wieczny krucyfiks tzw. mistyczny, pochodzący z nieistniejącego kościoła św. Mikołaja,

– XIV-wieczne malowidła ścienne pod wieżą i w prezbiterium,

– figura Marii z Dzieciątkiem z końca XIV wieku w nawie głównej,

– gotycki obraz pasyjny z ok. 1480-90,

– gotycki obraz tablicowy, przedstawiający 22 sceny z męczeńskiej drogi Chrystusa, ukazane na tle rozbudowanego pejzażu,

– tzw. czarny krucyfiks z 1 poł. XV wieku,

– figura Matki Boskiej Różańcowej z ok. 1500 roku,

– bogato rzeźbiony i o wysokich walorach artystycznych prospekt organowy z 1611 roku,

–  obraz Sąd Ostateczny z 1603 roku (dzieło warsztatu Antona Möllera z Gdańska),

– chrzcielnica,

– ozdobny łuk tęczowy u wejścia do prezbiterium (1733),

– ambona (1770),

– obraz Ukrzyżowanie, dzieło Bartłomieja Strobla z 1634 roku, przeniesione z dawnego klasztoru sióstr przy kościele Św. Ducha nad Wisłą.

W lipcu 2006 roku został otwarty odcinek Polskiej Drogi św. Jakuba z Olsztyna do Torunia, prowadzący do kościoła św. Jakuba. W tym kościele odprawiane są również łacińskie msze niedzielne i świąteczne w rycie trydenckim.

Toruń jest położony nad Wisłą przy drodze nr 91 z Gdańska do Łodzi. Kościół Świętych Apostołów Jakuba i Filipa – dawna fara Nowego Miasta Torunia, położony jest przy wschodnim narożniku Rynku Nowomiejskiego.

Zdjęcia wykonano w sierpniu 2014 roku.