Pierwotnie na środku Rynku Nowomiejskiego stał gotycki Ratusz Nowomiejski, który w 1668 roku został zamieniony na kościół ewangelicki pod wezwaniem Świętej Trójcy. Będący w złym stanie technicznym budynek rozebrano w 1818 roku.
Na jego miejscu w 1824 roku ukończono budowę obecnej świątyni, w tzw. stylu arkadowym, z klasycystycznym wnętrzem, według projektu dostarczonego przez Wyższą Deputację Budowlaną opracowanego prawdopodobnie z dużym udziałem Karla Friedricha Schinkla. Do 1927 roku w budynku znajdował się kościół ewangelicko-unijny, odtąd do 1939 roku pełnił on funkcję cerkwi prawosławnej św. Mikołaja. Po II wojnie światowej w budynku urządzono magazyny. W 1994 roku dokonano renowacji, w latach 1993–99 odbywał się w nim Międzynarodowy Festiwal Sztuki Autorów Zdjęć Filmowych Camerimage. Od początku XXI wieku w budynku odbywają się coroczne obchody Święta Reformacji, organizowane przez Kościoły protestanckie, zrzeszone w Toruńskim Przymierzu Protestanckim. W 2005 roku odnowiona została wieża dawnego kościoła, a także elewacja zachodnia, natomiast na początku 2006 roku elewacja południowa i północna.
Część wyposażenia kościoła (w tym XVIII-wieczny obraz Adoracja Baranka Apokaliptycznego) została przeniesiona do kościoła ewangelicko-augsburskiego św. Szczepana przy Wałach gen. Sikorskiego. Stamtąd w latach 50-tych obraz ołtarzowy „Chrystus Zmartwychwstały”, malowany przez Paula Händlera w 1891 roku dostał się do ewangelickiego kościoła Św. Trójcy w Warszawie, a klasycystyczne retabulum do Starej Iwicznej. Dzwony przeniesiono do katedry w Pelplinie, ambonę do kościoła św. Antoniego w Toruniu na Wrzosach. Organy uległy całkowitej dewastacji.
Toruń jest położony nad Wisłą przy drodze nr 91 z Gdańska do Łodzi. Kościół znajduje się na środku Rynku Nowomiejskim.
Zdjęcia wykonano w sierpniu 2014 roku.