Gotycki kościół św. Jana Ewangelisty był budowany od ok. 1325 roku jako katedra diecezji pomezańskiej i miejski kościół farny. Budowę ukończono w II połowie XIV wieku. Katedra od początku stanowiła jeden kompleks budynków w połączeniu z warownym zamkiem kapituły pomezańskiej. Ceglana, orientowana świątynia składa się z wydłużonego, pięcioprzęsłowego korpusu o charakterze pseudobazyliki i pięciobocznie zamkniętego, dwukondygnacyjnego chóru, ukończonego około 1335-40 roku. Prezbiterium i nawa główna kryte są sklepieniem gwiaździstym z żebrem przewodnim, zaś nawy boczne sklepieniem trójdzielnym. Zachodnia elewacja świątyni łączyła się bezpośrednio z zamkiem kapitulnym. Od strony południowo-zachodniej wzmocniła ją wysoka wieża o wysokości 59 m, pełniąca nie tylko rolę dzwonnicy, ale też funkcje obserwacyjno-obronne jako główna wieża zamkowa (część górna pochodzi dopiero z końca XV wieku). Obronne funkcje kościoła wzmacniał krużganek biegnący na poddaszu korpusu i chóru oraz dwie masywne ośmioboczne wieżyczki schodowe przy prezbiterium. Długość budowli wynosi 86 m, szerokość 25 m, wysokość nawy głównej 21 m, a naw bocznych 14,5 m. Na południowej elewacji kościoła, nad kruchtą, zachował się z tego okresu obraz mozaikowy, datowany na 1380, przedstawiający męczeństwo św. Jana Ewangelisty w oleju i klęczącego fundatora – biskupa Jana I Möncha. Pod mozaiką widniał napis „Johan[nes] ep[iscopu]s fecit f[ie]r[i] hoc op[u]s a[nno] d[omini] m ccc 80 /1380/„, zdjęty w czasie renowacji na początku XX wieku i obecnie eksponowany w kościele. Twórcami mozaiki byli prawdopodobnie mistrzowie z Wenecji.

We wnętrzu korpusu znajduje się wielki zespół gotyckich malowideł ściennych z przełomu XIV/XV wieku, całkowicie przemalowanych w XIX i XX wieku. Ma on formę fryzu przebiegającego wzdłuż ścian naw bocznych, pod oknami. Dalsze malowidła z tego czasu, m.in. sceny z Dzieciństwa Chrystusa odkryto niedawno w prezbiterium. Zachowały się również gotyckie płyty nagrobne. W latach 1478-79 w trakcie oblężenia Kwidzyna przez wojska polskie podczas tzw. wojny księżej, katedra została uszkodzona a sklepienie dolnej części prezbiterium (krypty) zawaliło się i nie zostało odbudowane. W 1496 roku biskup Jan IV podpisał dokument w którym nakazał odbudowę zniszczeń. Za czasów biskupa Hioba von Dobeneck (1502-21) powstały, zachowane do dziś, malowidła ścienne w prezbiterium, przedstawiające poczet 17 biskupów pomezańskich i 3 wielkich mistrzów krzyżackich, w tym dwóch najprawdopodobniej pochowanych w krypcie oraz rzeźbiony tron biskupi z 1504 roku o formach późnogotyckich z herbem diecezji i herbem biskupa (obecnie stoi przy ołtarzu).

W latach 1525-26 Prusy Książęce przeszły na protestantyzm co z czasem przyniosło zmiany w wyglądzie kościoła, który stracił dotychczasową rangę administracyjną. Diecezja uległa formalnej likwidacji w 1578 roku. Wnętrze otynkowano, a prezbiterium i korpus przedzielono ścianą fachwerkową, wyznaczając w ten sposób miejsca modlitwy dla gminy niemieckiej (korpus), polskiej (prezbiterium) i okresowo czeskiej (zachodnia część korpusu).

W 1586 roku dokonano kolejnych zmian w kościele. Przed głównym wejściem południowym wzniesiono kruchtę z gotlandzkiego piaskowca pochodzącego prawdopodobnie z byłego zamku biskupiego. Z zabytków z tamtej epoki należy wymienić malowany tryptyk ze sceną Ukrzyżowania z 1570 roku (ołtarz kościoła polskiego), rzeźbiony dawny ołtarz główny z ok. 1690 roku, ambonę „polską” z 1634 roku, efektowne rzeźbione epitafia: Augustyna Mildego z 1602 roku, Jerzego von Rembau z 1610 roku i Eilharda Menckena z 1683 roku. W 1705 roku od strony północnej została dobudowana kaplica grobowa Ottona Fryderyka von Groeben, z nagrobkiem przedstawiającym zmarłego i jego trzy kolejne małżonki (ok. 1710-1728) i z rodowymi portretami. Rzadkim zabytkiem są dwa bogato zdobione ewangelickie konfesjonały z 1716, dzieło Józefa Antoniego Krausego (Kruse), któremu przypisuje się też wystrój mauzoleum Groebenów. W 1807 roku, w okresie wojen napoleońskich, kościół został zamieniony na magazyn żywności i halę ćwiczeń. Budynek został zdewastowany.

Dopiero w latach 1816-17 za sprawą architekta Schroedera przeprowadzono prace modernizacyjne polegające na usunięciu ścian działowych i naprawieniu gzymsów. W 1856 roku został wykonany przez rzeźbiarza Henryka Medema portal kaplicy Groebenów oraz reliefy w drzwiach kaplicy według projektu Christiana Daniela Raucha, wykonane z cynku pokrytego brązem i przedstawiające sceny z kolonialnych wypraw wojennych Groebena.

W latach 1862-64 dokonano gruntownej modernizacji kościoła mającej na celu przywrócenie wyglądu katedry z czasów średniowiecznych. Prac tych podjął się niemiecki architekt Friedrich August Stüler. Według jego projektu wzniesiono neogotycki ołtarz wykonany przez rzeźbiarza Kocha z Poczdamu, z rzeźbami Henryka Medema i ambonę. Obraz ołtarzowy Zmartwychwstanie namalował prof. Bernhard Plockhorst z Weimaru. Odbudowano zawalone sklepienie w prezbiterium, odsłonięto i przemalowano gotyckie malowidła ścienne. Witraże w prezbiterium są dziełem firmy Oidtmann z Lynnich koło Akwizgranu (1864).

W katedrze pochowano m.in. biskupów pomezańskich, wielkich mistrzów krzyżackich Wernera von Orseln (1330), Ludolfa Königa (1348) i Heinricha von Plauena, bł. Dorotę z Mątowów (1394), jej spowiednika i wybitnego teologa Jana z Kwidzyna oraz Ottona Friedricha von Groeben, pierwszego pruskiego eksploratora Afryki. Odnowioną kryptę wielkich mistrzów udostępniono dla zwiedzających 31 lipca 2010 roku. Odkryte w trakcie badań archeologicznych komory grobowe nie zostały ponownie pokryte kamienną posadzką, lecz taflami hartowanego szkła, pod którymi w miejscach pochówku wielkich mistrzów umieszczono w trumnach manekiny ubrane w szaty i płaszcze, tuż obok których znajdują się relikwiarze ze szczątkami każdego z nich oraz zbiorowa skrzynka z prochami 4 lub 5 biskupów pomezańskich. Poszukiwania grobu błogosławionej Doroty z Mątowów, prowadzone m.in. za pomocą georadaru, zakończyły się niepowodzeniem. Odkryto jedynie pustą kryptę, w której mogły znajdować się jej doczesne szczątki, dopóki ze świątyni nie usunęli ich zwolennicy reformacji. W 1945 roku niezniszczony kościół przejął zakon franciszkanów, opiekujący się nim do 1993, kiedy to dzięki staraniom prepozyta kapituły ks. Wojciecha Kruka rozpoczęto systematyczne prace remontowe i konserwatorskie.

Kwidzyn jest położony 40 km na południe od Malborka, przy drodze nr 55 do Grudziądza. Katedra znajduje się w zachodniej części miasta.

Zdjęcia wykonano w maju 2017 roku.