Kościół św. Małgorzaty został wybudowany w XII wieku w stylu gotyckim na zlecenie benedyktynów. Świątynia była przeznaczona dla mieszkających w pobliżu opactwa ludzi, stanowiła ich kościół parafialny. W latach 1486-1523 doszło do jej przebudowy. Od 1614 roku stanowi kościół parafialny Pałacu Westminsterskiego. Stała się nim, gdyż purytanie nie byli zadowoleni z ceremonii odprawianych w Westminster Abbey i postanowili, że St Margaret’s będzie bardziej odpowiadała ich potrzebom. Rektorem kościoła jest jeden z kanoników Opactwa Westminsterskiego. W 1734 roku rozpoczęła się trwająca cztery lata przebudowa północno-zachodniej wieży. Następnie dodano dwa przedsionki – wschodni i zachodni.

Obecny wygląd wnętrz kościoła został zapewniony przez renowację, która miała miejsce w 1877 roku. Projektantem był sir George Gilbert Scott. Mimo to, zachowano wiele części wcześniejszego wystroju, który pochodził z czasu Tudorów. Pierwsze organy zainstalowano tam w 1806 roku. Te, które używane są obecnie pochodzą z pracowni J. W. Walker & Sons Ltd. W budynku można obejrzeć m.in. piękne witraże. Jeden z nich pochodzi z 1509 roku, został zrobiony przez Flamandów z okazji zaręczyn Katarzyny Aragońskiej z królem Henrykiem VIII. Swój witraż ma także, pochowany w tym kościele w 1491 roku, pierwszy brytyjski drukarz William Caxton. Oprócz niego, jedno z okien poświęcono sir Walterowi Raleigh, który spoczął tam w 1618 roku, po tym jak został poddany egzekucji na Old Palace Yard, a kolejne poecie Johonowi Miltonowi oraz admirałowi Robertowi Blake’owi.  

Kościół był także miejscem, gdzie obywały się weselsze wydarzenia, takie jak śluby brytyjskich arystokratów. Sakramentalne „tak” powiedzieli tam sobie m.in. Sir Winston Churchill i Clementine Hozier – 12 września 1908 roku. Obecnie członkowie parlamentu, zarówno Izby Gmin, jak i Izby Lordów mogą zawierać tam związki małżeńskie.

Kościół św. Małgorzaty znajduje w dzielnicy City of Westminster między Pałacem Westminsterskim a Westminster Abbey.

Zdjęcia wykonano w lutym 2017 roku.