Kościół św Jakuba został zbudowany w stylu gotyckim tuż przed 1300 rokiem, jako kościół parafialny. Część murów z pierwszego budynku zachowały się do dnia dzisiejszego. Świątynia była wielokrotnie przebudowywana. W 1577 roku została zniszczona przez gdańskich najemników podczas wojny Rzeczpospolitej z Gdańskiem. Kościół po odbudowie w latach 1591-93 został ponownie konsekrowany w 1604 roku. W 1637 roku dokonano renowacji świątyni, trzeba było naprawiać mury, grożące zawaleniem. W 1709 roku wzniesiono wieżę wysoką na 24 metry. Rokokowe wyposażenie oraz kartusz na wschodniej ścianie kościoła wskazują na prowadzenie prac remontowych w czasach opata Jacka Rybińskiego (1740-82). Od roku 1831 (w praktyce od 1833) kościół był użytkowany przez gminę luterańską. W latach 1879-82 świątynia przeszła gruntowny  remont, powstała wtedy kruchta oraz wystrój stropu.

Po II wonie światowej w 1946 roku kościół ponownie wrócił w ręce katolików. W 1960 roku dokonano renowacji kościoła odsłaniając przy okazji gotyckie partie muru. Obecnie jest to kościół filialny parafii archikatedralnej. Przez jakiś czas służył także katolikom obrządku bizantyjsko-ukraińskiego (greko-katolikom). Niedawno kościół św. Jakuba przeszedł kapitalny remont. 

Świątynia znajduje się przy skrzyżowaniu ulic Opackiej i Cystersów około 100 m na zachód od katedry. 

Zdjęcia wykonano w lutym 2009 roku.