Pierwsze wzmianki o Castrum Maris („Zamek nad morzem”) w Birgu zostały znalezione w dokumentach z około 1240 roku. W czasie przybycia joannitów na Maltę w roku 1530, zamek składał się z donżonu otoczonego murami, otaczającymi różne budynki, w tym Castellan’s House i kaplicę św. Marii (później ponownie dedykowanej św. Annie) oraz zewnętrznego kasztelu. W zamku znajdowała się też kaplica dedykowana św. Aniołowi, która została później ponownie dedykowana Narodzeniu NMP.

Zakonnicy zdecydowali się osiedlić w Birgu, a Fort St. Angelo został siedzibą Wielkiego Mistrza, który odnowił Castellan’s House i kaplicę św. Anny. Rycerze uczynili fort swoją główną budowlą obronną i mocno go przezbroili i przebudowali, włączając w to odcięcie suchego rowu obronnego i zamienienie go w fosę oraz budowę D’Homedes Bastion w roku 1536. W roku 1547, na tyłach bastionu D’Homedesa zbudowany został duży nadszaniec, zaprojektowany przez Antonio Ferramolino, a na cyplu fortu, na poziomie morza – De Guiral Battery, aby ochraniać wejście do Dockyard Creek. Te prace zmieniły fort w potężne umocnienie. Fort St. Angelo powstrzymał Turków podczas Wielkiego Oblężenia, podczas którego udało się zdezintegrować turecki atak na Sengleę 15 sierpnia 1565 roku. W następstwie oblężenia, na cyplu Sciberras po przeciwnej stronie Grand Harbour, Rycerze zbudowali ufortyfikowane miasto Valletta i przenieśli tam swoje centrum administracyjne.

W roku 1690 w forcie wykonano duże prace remontowe. Dzisiejszy wygląd fortu jest pochodną tych prac, których projektodawcą był Carlos de Grunenbergh, który także opłacił budowę czterech baterii dział, skierowanych w stronę wejścia do Grand Harbour. Ponad główną bramą fortu można zobaczyć jego herb. Zatem po przybyciu w roku 1798 Francuzów, fort stał się bardzo silną fortyfikacją, dysponującą 80 działami, z których 48 skierowanych było w stronę wejścia do portu. Podczas krótkiego, dwuletniego okresu okupacji Malty przez Francuzów, fort był główną kwaterą ich armii. Z przybyciem Brytyjczyków na Maltę fort został przejęty przez wojsko, utrzymując swoją pozycję jako budowla militarna. W roku 1800 dwa bataliony 35 regimentu zostały osadzone w forcie. Na początku XX wieku fort został przejęty przez Royal Navy i stał się bazą dla marynarki brytyjskiej na Morzu Śródziemnym. Brytyjczycy nie przeprowadzili w forcie żadnych większych modyfikacji, aczkolwiek w roku 1860 przebudowali Baterię nr 2 na baterię z kazamatami dla trzech 9-calowych dział, oraz na początku XX wieku zbudowali kino i zakład destylacji wody.

Podczas II wojny światowej fort ponownie przetrzymał oblężenie, uzbrojony jedynie w trzy działa Boforsa. Ogółem, w latach 1940-1943, fort został trafiony bezpośrednio 69 razy. Kiedy w roku 1979 Royal Navy opuściła Maltę, fort został przekazany w ręce rządu maltańskiego i od tego czasu został częściowo zaniedbany, zwłaszcza w latach 80-tych XX wieku, kiedy projektowano przekształcić go w hotel.

5 grudnia 1998 roku została podpisana umowa pomiędzy Maltą a Suwerennym Rycerskim Zakonem Szpitalników Świętego Jana, w myśl której Zakon otrzymał górną część Fortu Saint Angelo, włączając w to Dom Wielkiego Mistrza i kaplicę św. Anny, z ograniczoną eksterytorialnością. Umowa ta została zawarta na 99 lat, ale dokument pozwala rządowi Malty rozwiązać ją w każdym czasie po upływie 50 lat. W myśl umowy, flaga Malty może powiewać razem z flagą Zakonu na widocznym miejscu ponad Fortem Saint Angelo. Zakon nie może udzielać nikomu azylu i sądy maltańskie mają pełną jurysdykcję z zastosowaniem prawa Malty. Dodatkowo, w drugim obustronnym traktacie wymieniono szereg immunitetów i przywilejów. Pozostałe części fortu zostały oddane w leasing prywatnemu konsorcjum Cottonera Waterfront Group, w celu restauracji, konserwację i ponowne wykorzystanie tego miejsca jako głównej atrakcji turystycznej dla zwiedzających, ukazując swoją historię i rolę na przestrzeni wieków oraz pełniąc funkcję miejsca programów edukacyjnych i imprez kulturalnych oraz doświadczeń historycznych „na żywo”. Odnowa fortu została zakończona we wrześniu 2015 roku. Fort jest najlepiej widoczny od strony portu.

Zdjęcia wykonano we wrześniu 2017 roku.