Kościół Matki Bożej Zwycięskiej w Valletcie został ufundowany jako dar wotywny za zwycięstwo joannitów i mieszkańców Malty nad Turkami w dniu 8 Września 1566 roku Został on zbudowany prawdopodobnie według projektu Girolama Cassara na miejscu, gdzie jak mówi tradycja, 28 marca 1566 roku odbyła się ceremonia religijna połączona z wmurowaniem kamienia węgielnego nowego miasta Valletta. Świątynia była pierwszym kościołem i prawdopodobnie pierwszym budynkiem ukończonym w Valletcie.

Pierwotny kościół był prawdopodobnie surowy w wyglądzie, o sklepieniu kolebkowym, posiadał trzy ołtarze, dwa boczne poświęcone były św. Janowi Chrzcicielowi, patronowi Zakonu oraz św. Pawłowi, głównemu patronowi Malty. Jego budowa była finansowana z osobistych środków Mistrza Jeana Parisot de Valette i miał on być dziedziczony przez każdego członka rodziny de Valette, który wstąpiłby do Zakonu Świętego Jana. Kościół Matki Bożej Zwycięskiej został kościołem zakonnym, aż do 1577 roku, kiedy budowa konkatedry św. Jana została ukończona. 16 lipca 1617 roku kościół został mianowany kościołem parafialnym Zakonu, zastępując kościół św. Antoniego Opata w Birgu. W 1699 roku, za rządów Wielkiego Mistrza Ramona Perellos y Roccaful, apsyda kościoła została powiększona, a na sklepieniu kościoła zostały namalowanie przez Alessio Erardiego sceny z życia Najświętszej Dziewicy. W 1752, fasada, zakrystia i dom proboszcza zostały rozbudowane. Fasada otrzymała wspaniały barokowy wygląd.  Ważnym uzupełnieniem było dodanie dzwonnicy, usytuowanej lekko z tyłu budynku. W 1837 roku kościół został mianowany kościołem garnizonowym dla Royal Malta Fencibles i był używany przez wielu katolickich żołnierzy stacjonujących na wyspie. W czasie II wojny światowej, 7 kwietnia 1942 sufit kościoła został uszkodzony (szczęśliwie, dach kościoła nie runął) w konsekwencji nalotu Luftwaffe, który zniszczył pobliski budynek opery. Na początku XXI wieku rozpoczęto prace renowacyjne, które trwają do dziś.

W kościele znajdują się obrazy i rzeźby, będące prawdziwymi skarbami sztuki oraz cztery ołtarze boczne, po dwa z każdej strony, wykonane w stylu barokowym. Każdy zawiera obraz patrona, któremu jest poświęcony. Ołtarz główny zachowany do dzisiaj, jest trzecim w tym miejscu. Datę jego powstania określa się na 1752 rok. Za ołtarzem, w apsydzie, stoją drewniane stalle, ponad którymi znajduje się sześć obrazów o dużym znaczeniu i wartości artystycznej. Po obu stronach ołtarza znajdują się ozdobne nisze zawierające relikwie. W posadzce w pobliżu konfesjonału znajduje się wejście do Krypty, która jest najstarszą częścią kościoła. Zostało ono odkryte przypadkowo, kiedy w 2008 zapadła się w tym miejscu część marmurowej posadzki. Krypta zajmuje obszar pod nawą i głównym ołtarzem, jej sufit jest wsparty na czterech kamiennych łukach. Na środku kościoła, wkomponowane są w posadzkę cztery wielokolorowe marmurowe płyty nagrobne.

Kościół znajduje się przy Victory Square, za ruinami opery. Budynek przylega do Bastionu św. Jakuba. Naprzeciwko wznosi się kościół Katarzyny Aleksandryjskiej.

Zdjęcia wykonano we wrześniu 2017 roku.